当前解析结果
SmilChr06G000205| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000205 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000205 |
| 描述 | probable aquaporin SIP2-1 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 1398417 - 1400332 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130987754 |
|---|---|
| GeneID | 130987754 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987754 |
| 原始查询 | LOC130987754 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable aquaporin SIP2-1 |
| 产物 | probable aquaporin SIP2-1 |
| Arabidopsis | AT3G56950 (SIP2;1)small and basic intrinsic protein 2;1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824862] identity=56.5; qcov=0.939; evalue=2.14e-96; confidence=high |
| Rice | Os03g0320000 (OsSIP1)- identity=45.7; qcov=0.939; evalue=9.38e-65; confidence=high |
| GO | GO:0015267 (channel activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00230 (MIP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987754 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057767389.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.80000 | XP_057767389.1 |
| 3 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057767389.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057767389.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767389.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:1398699 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
Chr6:1398742 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B15,C49 |
Chr6:1398812 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B73 |
Chr6:1398858 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B73 |
Chr6:1399714 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B122 |
Chr6:1399728 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C56,C65 |
Chr6:1399812 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B102 |
Chr6:1399827 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B102 |
Chr6:1399923 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B14 |
Chr6:1400045 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B128 |
Chr6:1400081 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B1,B117,B52,B93,D2 |
Chr6:1400086 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B122 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767389.1PF00230
MIP 5-219 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767389.1 |
Pfam | PF00230 |
MIP | Family | 5 | 219 | 4.4e-08 | 33.9 | Major intrinsic protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。