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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000227

染色体: Chr06 坐标: 1517848-1528625 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000227
名称SmilChr06G000227
描述probable disease resistance protein RF45
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向1517848 - 1528625 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987775
GeneID130987775
locus_tag-
NCBI NameLOC130987775
原始查询LOC130987775

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable disease resistance protein RF45
产物probable disease resistance protein RF45
ArabidopsisAT5G35450 (AT5G35450)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833508]
identity=29.4; qcov=0.931; evalue=1.11e-76; confidence=low
RiceOs12g0500500
-
identity=28.3; qcov=0.894; evalue=6.79e-65; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF18052 (Rx_N); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987775

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057767424.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057767427.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767424.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767424.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767424.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:1518193 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 34 A1,A20,B1,B107,B113,B115,B117,B118,B139,B14,B17,B2,B29,B30,B40,B45,B56,B69,B7,B80,B87,B89,B95,C28,C33,C45,C50,C64,C73,C74,C77,C8,D3,D5
Chr6:1518196 T TGA 2bp_insertion frameshift_variant 34 A1,A20,B1,B107,B113,B115,B117,B118,B139,B14,B17,B2,B29,B30,B40,B45,B56,B69,B7,B80,B87,B89,B95,C28,C33,C45,C50,C64,C73,C74,C77,C8,D3,D5
Chr6:1518227 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B76,B94
Chr6:1518246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B76,B94
Chr6:1518275 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,D11
Chr6:1518281 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B76,B94
Chr6:1518293 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr6:1518365 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr6:1518560 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B93,C17,C23
Chr6:1518618 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr6:1518670 GCA G 2bp_deletion frameshift_variant 1 C31
Chr6:1518670 GCA G 2bp_deletion CDS_variant 1 C31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767424.1
884 aa
N
1
442
884
Rx_N
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-85 aa PF00931 NB-ARC 164-327 aa PF23559 WHD_DRP 410-480 aa PF23598 LRR_14 536-812 aa
XP_057767425.1
884 aa
N
1
442
884
Rx_N
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-85 aa PF00931 NB-ARC 164-327 aa PF23559 WHD_DRP 410-480 aa PF23598 LRR_14 536-812 aa
XP_057767426.1
882 aa
N
1
441
882
Rx_N
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-85 aa PF00931 NB-ARC 162-325 aa PF23559 WHD_DRP 411-481 aa PF23598 LRR_14 535-816 aa
XP_057767427.1
755 aa
N
1
378
755
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF00931 NB-ARC 35-198 aa PF23559 WHD_DRP 281-351 aa PF23598 LRR_14 407-683 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767424.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 85 9e-17 61.7 Rx N-terminal domain
XP_057767424.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 164 327 9.3e-41 140.0 NB-ARC domain
XP_057767424.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 410 480 5.5e-20 71.9 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057767424.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 536 812 5.7e-19 68.8 Leucine-rich repeat region
XP_057767425.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 85 9e-17 61.7 Rx N-terminal domain
XP_057767425.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 164 327 9.3e-41 140.0 NB-ARC domain
XP_057767425.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 410 480 5.5e-20 71.9 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057767425.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 536 812 5.7e-19 68.8 Leucine-rich repeat region
XP_057767426.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 85 7.8e-17 61.9 Rx N-terminal domain
XP_057767426.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 162 325 1.4e-41 142.7 NB-ARC domain
XP_057767426.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 411 481 1.3e-19 70.7 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057767426.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 535 816 1.3e-19 70.9 Leucine-rich repeat region
XP_057767427.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 35 198 7.5e-41 140.3 NB-ARC domain
XP_057767427.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 281 351 4.6e-20 72.1 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057767427.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 407 683 4e-19 69.3 Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911442.1
CGAAGACAATTGTAGTTGGCAACTTGTTTCAAGAAATTTCGTTGAAGCATCACAGGTTCAATAGTGGGCAGGCAGGATAGTACATTCATGTGCAGTCATTAATTGTTTGCTTAATTTGAGGTTATATGAATTGAGGTGAAGATGTAAATTAAGAAGGGTGGAAACTAAATGGCGGAGGCTGCGGTGACATTCCTACTGGAGAACGTGCAGAAGCTGCTGGTGGAGCAGGCGGATCTGATATCGGGGGCGGAGAAGGAGCT...
XM_057911441.1
CGAAGACAATTGTAGTTGGCAACTTGTTTCAAGAAATTTCGTTGAAGCATCACAGGTTCAATAGTGGGCAGGCAGGATAGTACATTCATGTGCAGTCATTAATTGTTTGCTTAATTTGAGGTTATATGAATTGAGGTGAAGATGTAAATTAAGAAGGGTGGAAACTAAATGGCGGAGGCTGCGGTGACATTCCTACTGGAGAACGTGCAGAAGCTGCTGGTGGAGCAGGCGGATCTGATATCGGGGGCGGAGAAGGAGCT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130987775
ATGGCGGAGGCTGCGGTGACATTCCTACTGGAGAACGTGCAGAAGCTGCTGGTGGAGCAGGCGGATCTGATATCGGGGGCGGAGAAGGAGCTGAACGATTTGCAGGACGAGCTGGGGCTCCTGAAAGCCTTCTTGATGGACTACGAAGAGACGCGGAAGAAGGGTCAGGTATTCACACAGTTCGAGAGGCACATCAGAGAGGCCGTGTACGAGGCCGAGGACATCCTCGACGCCTGCCTCACCCACAAGGCCAAATACGG...
LOC130987775
ATGGCGGAGGCTGCGGTGACATTCCTACTGGAGAACGTGCAGAAGCTGCTGGTGGAGCAGGCGGATCTGATATCGGGGGCGGAGAAGGAGCTGAACGATTTGCAGGACGAGCTGGGGCTCCTGAAAGCCTTCTTGATGGACTACGAAGAGACGCGGAAGAAGGGTCAGGTATTCACACAGTTCGAGAGGCACATCAGAGAGGCCGTGTACGAGGCCGAGGACATCCTCGACGCCTGCCTCACCCACAAGGCCAAATACGG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057767424.1
MAEAAVTFLLENVQKLLVEQADLISGAEKELNDLQDELGLLKAFLMDYEETRKKGQVFTQFERHIREAVYEAEDILDACLTHKAKYGGCIFNLKHLDLAKKAKELRPQLQSIFDRAIRLREELLPPIADPSAATLGTSDDDKFKKTQLLRADNVVGFADEEATLIKYLNEKTEQLDVISIVGMPGLGKTTLAWKIYRDPKIQFEFPTLIWVYVSQELNEREVFLTILKKFTRDDMSGREEWELTRLVRYHLDKGRFLLFM...
XP_057767425.1
MAEAAVTFLLENVQKLLVEQADLISGAEKELNDLQDELGLLKAFLMDYEETRKKGQVFTQFERHIREAVYEAEDILDACLTHKAKYGGCIFNLKHLDLAKKAKELRPQLQSIFDRAIRLREELLPPIADPSAATLGTSDDDKFKKTQLLRADNVVGFADEEATLIKYLNEKTEQLDVISIVGMPGLGKTTLAWKIYRDPKIQFEFPTLIWVYVSQELNEREVFLTILKKFTRDDMSGREEWELTRLVRYHLDKGRFLLFM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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