Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000254`

染色体: Chr06 坐标: 1679083-1684505 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000254`
名称	SmilChr06G000254
描述	uncharacterized SmilChr06G000254
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	1679083 - 1684505 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987793`
GeneID	`130987793`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987793`
原始查询	`LOC130987793`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835102]; symbol=AT5G50350; hit=AT5G50350; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835102]; symbol=AT5G50350; hit=AT5G50350; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G50350` (AT5G50350) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835102] identity=42.3; qcov=0.639; evalue=1.33e-55; confidence=medium
Rice	`Os06g0609800` - identity=35.9; qcov=0.708; evalue=7.6e-53; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987793

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoskeleton	细胞骨架	1.00000	`XP_057767452.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057767452.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057767453.1`
4	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057767452.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767452.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:1679534`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C6
`Chr6:1679534`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C6
`Chr6:1679536`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr6:1679638`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C2,C68
`Chr6:1679730`	`CGA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B130
`Chr6:1679730`	`CGA`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B130
`Chr6:1679746`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B98,C29
`Chr6:1679748`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B5,C53
`Chr6:1679843`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr6:1679877`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B16,B82,C51
`Chr6:1679942`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr6:1681322`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911469.1
TTCAATTTCAAATATTTCCTCATTTTTCGATCTGTCCGCCAATCCTTCCTTCCTCCTCCCATTTACTCTCTCTCTCTCTCCCTTCTTTCTCTCTCATCATAAAACCAATTTCGCGGAGTCTTCTGAGCTATGTAGCAATGTTCAACTCTACTCCACACCTAATTCAAAATTTCAATTTCTCGTGATTGTTCACGCTAATTCAAAGCTACAGAGATACCTGACAAACATGGCGACGTCGGCTTTCAAATCAACGACCGAGA...

XM_057911470.1
CAATTTCAAATATTTCCTCATTTTTCGATCTGTCCGCCAATCCTTCCTTCCTCCTCCCATTTACTCTCTCTCTCTCTCCCTTCTTTCTCTCTCATCATAAAACCAATTTCGCGGAGTCTTCTGAGCTATGTAGCAATGTTCAACTCTACTCCACACCTAATTCAAAATTTCAATTTCTCGTGATTGTTCACGCTAATTCAAAGCTACAGAGATACCTGACAAACATGGCGACGTCGGCTTTCAAATCAACGACCGAGAGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130987793
ATGGCGACGTCGGCTTTCAAATCAACGACCGAGAGAGCTTCAATCGGCGGCTCCACCCCGCACCGCTCTCTCCGCCGCTCCCGCAGCCTCAGCCGCTTCTCCCGCCCCATTGCGCCGGAGCCGGAGGCCGAGATGGACTACATCAAAAACGTGCCCAGGGGGAAATTCGTCAACACCACGAGGGGCTCGACGGCGCCGTTCCCGGAGATCAGCTTGGACGATCTGGCGCTCGAGTTCTTCTCTTCCTCGTCGAAGAACGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057767452.1
MATSAFKSTTERASIGGSTPHRSLRRSRSLSRFSRPIAPEPEAEMDYIKNVPRGKFVNTTRGSTAPFPEISLDDLALEFFSSSSKNESDGAAVEREGRSASRRGEIGRWASDTASSRRRGRSVSRGRGEAVSSGSAASGGPKNAVSSDASSRRRRSISVARSRGDAAPATDKDAVAADAGTRRRRSLSVARTSGNAVPSGGKDAVAADAGTRRRSLSVARYQISDSESDIDRSQNSSNRATMIAPTGGNAHLPLASKATA...

XP_057767453.1
MATSAFKSTTERASIGGSTPHRSLRRSRSLSRFSRPIAPEPEAEMDYIKNVPRGKFVNTTRGSTAPFPEISLDDLALEFFSSSSKNESDGAAVEREGRSASRRGEIGRWASDTASSRRRGRSVSRGRGEAVSSGSAASGGPKNAVSSDASSRRRRSISVARSRGDAAPATDKDAVAADAGTRRRRSLSVARTSGNAVPSGGKDAVAADAGTRRRSLSVARYQISDSESDIDRSQNSSNRATMIAPTGGNAHLPLASKATA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器