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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000268

染色体: Chr06 坐标: 1818481-1823537 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000268
名称SmilChr06G000268
描述probable aspartyl aminopeptidase
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向1818481 - 1823537 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987801
GeneID130987801
locus_tag-
NCBI NameLOC130987801
原始查询LOC130987801

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable aspartyl aminopeptidase
产物probable aspartyl aminopeptidase
ArabidopsisAT5G60160 (AT5G60160)
Zn-dependent exopeptidases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836138]
identity=78.7; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0236500
-
identity=76.4; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004177 (aminopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF02127 (Peptidase_M18); PF05343 (Peptidase_M42)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987801

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057767467.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057767467.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767467.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767467.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767467.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:1819301 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B58,B77,C49
Chr6:1819936 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B133,B68,C17,C22,C77
Chr6:1820125 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,D11
Chr6:1821111 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,C49
Chr6:1821114 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr6:1821129 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,D11
Chr6:1822160 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,B107
Chr6:1822281 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,C27,C55
Chr6:1822963 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B128,B134,B31,B8,C3
Chr6:1823042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr6:1823243 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,C27,C55
Chr6:1823362 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B107,B11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767467.1
479 aa
N
1
240
479
Peptidase_M18
Peptidase_M42
C
PF02127 Peptidase_M18 11-465 aa PF05343 Peptidase_M42 335-457 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767467.1 Pfam PF02127 Peptidase_M18 Family 11 465 1.4e-164 548.7 Aminopeptidase I zinc metalloprotease (M18)
XP_057767467.1 Pfam PF05343 Peptidase_M42 Family 335 457 8.8e-08 32.3 M42 glutamyl aminopeptidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911484.1
TAATTAACAATCATTGCGTACCATGGGCCGTCAATAGACATTAATTAACAATCATTACCCACAAGTTTCTTGACAACAGTACCAAACAGGGCTAAAAGAATCTAATCGAACACCTAAAGCAGCATATCTTTCTCACTGGTTGCACTGTTAGAAGAGCAAACTTGAGTGCAATGGACCCAGTAGCGATCGATCTTGTGGATTTCTTGAATGCTTCACCAACAGCTTTCCATGCAGTAGACGAAGCGAAGAAGCGTCTGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987801
ATGGACCCAGTAGCGATCGATCTTGTGGATTTCTTGAATGCTTCACCAACAGCTTTCCATGCAGTAGACGAAGCGAAGAAGCGTCTGAGAAGTGCAGGATATGCCCAATTGTCGGAGAGGGATGACTGGAAACTAGAAGCTGGCAAGAAATATTACTTCACCAGGAACCACTCTACTATTGTTGCATTTGCTATTGGTAAAAAGTATGTAGCTGGGAATGGGATTTTCATAGTTGGTGCTCATACAGATAGTCCCTGTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767467.1
MDPVAIDLVDFLNASPTAFHAVDEAKKRLRSAGYAQLSERDDWKLEAGKKYYFTRNHSTIVAFAIGKKYVAGNGIFIVGAHTDSPCLKLKPVTKVTKGGYLEVGVQPYGGGLWHTWFDRDLTIAGRVILRKKKDGSESYSHQLIRIEEPIMRIPTLAIHLDREVNDGFKINKQTHLAPVLATLVKAELDKLTTENGSTGTGSGDGKKIDGKTKTNEKHHSLLLQLISAQLGCEPDDICDFELQACDTQKSIVAGALKEFI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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