当前解析结果
SmilChr06G000268| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000268 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000268 |
| 描述 | probable aspartyl aminopeptidase |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 1818481 - 1823537 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130987801 |
|---|---|
| GeneID | 130987801 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987801 |
| 原始查询 | LOC130987801 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable aspartyl aminopeptidase |
| 产物 | probable aspartyl aminopeptidase |
| Arabidopsis | AT5G60160 (AT5G60160)Zn-dependent exopeptidases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836138] identity=78.7; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os12g0236500- identity=76.4; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004177 (aminopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02127 (Peptidase_M18); PF05343 (Peptidase_M42) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987801 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057767467.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057767467.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767467.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057767467.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057767467.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:1819301 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B58,B77,C49 |
Chr6:1819936 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B133,B68,C17,C22,C77 |
Chr6:1820125 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B77,D11 |
Chr6:1821111 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B58,C49 |
Chr6:1821114 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B38,B39 |
Chr6:1821129 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B25,D11 |
Chr6:1822160 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B102,B107 |
Chr6:1822281 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B65,C27,C55 |
Chr6:1822963 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B128,B134,B31,B8,C3 |
Chr6:1823042 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B56,B96 |
Chr6:1823243 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B65,C27,C55 |
Chr6:1823362 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B102,B107,B11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767467.1PF02127
Peptidase_M18 11-465 aa
PF05343
Peptidase_M42 335-457 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767467.1 |
Pfam | PF02127 |
Peptidase_M18 | Family | 11 | 465 | 1.4e-164 | 548.7 | Aminopeptidase I zinc metalloprotease (M18) |
XP_057767467.1 |
Pfam | PF05343 |
Peptidase_M42 | Family | 335 | 457 | 8.8e-08 | 32.3 | M42 glutamyl aminopeptidase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。