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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000230

染色体: Chr06 坐标: 1546511-1548697 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000230
名称SmilChr06G000230
描述protein NRT1/ PTR FAMILY 5.5-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向1546511 - 1548697 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987805
GeneID130987805
locus_tag-
NCBI NameLOC130987805
原始查询LOC130987805

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein NRT1/ PTR FAMILY 5.5-like
产物protein NRT1/ PTR FAMILY 5.5-like
ArabidopsisAT2G38100 (AT2G38100)
proton-dependent oligopeptide transport (POT) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818388]
identity=34.3; qcov=0.553; evalue=6.62e-35; confidence=low
RiceOs01g0871500
-
identity=25.3; qcov=1.08; evalue=5.55e-30; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987805

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057767470.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057767470.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057767470.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767470.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767470.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:1546834 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,A25,B74,B84
Chr6:1546906 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B87,B91
Chr6:1546907 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 2 B70,C41
Chr6:1546907 TCA T 2bp_deletion CDS_variant 2 B70,C41
Chr6:1546913 C CCT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B70
Chr6:1546913 C CCT 2bp_insertion CDS_variant 1 B70
Chr6:1546921 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B70
Chr6:1547141 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr6:1547176 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr6:1547218 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr6:1547359 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:1547401 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911487.1
GATTGACAACCATCAACACACATGGGACAGCTATTCAGATAGTTACTATATTAATAGACTTCCTCTGTTTTGCAGAAGGCTACCACGACCTAAAAATGAAGAGCTCCAACAGAATTTCTGCTCTACTGTGGGCAGACATATTGGTGGCTTTCGCGTTGTTTGTGATGCAGGATTATTTGACAGATGTTTGGAATCTAAGCTTCACTCATGCTGCTGCCATTCTGAATCTCTGGAATGGAATGTCTATGGTGTTACAACCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987805
ATGAAGAGCTCCAACAGAATTTCTGCTCTACTGTGGGCAGACATATTGGTGGCTTTCGCGTTGTTTGTGATGCAGGATTATTTGACAGATGTTTGGAATCTAAGCTTCACTCATGCTGCTGCCATTCTGAATCTCTGGAATGGAATGTCTATGGTGTTACAACCTTTCTTCGTCGTCCTCGTCGACGCCCTTCTTGGAAATTTCACGATGCTGCTCATTTCCAGCACGGCCTACAGTCTCGGGATTGGTTTCGTAGCGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767470.1
MKSSNRISALLWADILVAFALFVMQDYLTDVWNLSFTHAAAILNLWNGMSMVLQPFFVVLVDALLGNFTMLLISSTAYSLGIGFVAMSTPPVLGTCNRYEQECIGPTQKPLFYAGMALIAVGVAGNNVSLKPFLQEQEDRNLDAAPNFCLKIAGAVFVAIVALVGAIALPYVKPWSLRFGIPAICTVVATALFLTGLCCYRYDRRGAEGSQVKSLCRARMIPMLTTFVFCGVVSSVGNTYFVEQASNLNRNLGKWKVPPQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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