Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000250`

染色体: Chr06 坐标: 1663164-1664062 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000250`
名称	SmilChr06G000250
描述	putative B3 domain-containing protein At3g49610
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	1663164 - 1664062 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987812`
GeneID	`130987812`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987812`
原始查询	`LOC130987812`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative B3 domain-containing protein At3g49610
产物	putative B3 domain-containing protein At3g49610
Arabidopsis	`AT1G05920` (AT1G05920) B3 domain protein (DUF313) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837102] identity=35.8; qcov=0.51; evalue=1.03e-15; confidence=low
Rice	`-` -
GO	GO:0003677 (DNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF03754 (At2g31720-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987812

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057767478.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767478.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767478.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057767478.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057767478.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:1663305`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B23,B55,C25,D8
`Chr6:1663385`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A6
`Chr6:1663407`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B14,B26,C21,C40,C87
`Chr6:1663487`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B62
`Chr6:1663487`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B62
`Chr6:1663489`	`CGG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B62
`Chr6:1663489`	`CGG`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B62
`Chr6:1663513`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B62
`Chr6:1663516`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B62
`Chr6:1663516`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B62
`Chr6:1663521`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B71,C65
`Chr6:1663535`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B139

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767478.1

241 aa

120

241

At2g31720-like

PF03754 At2g31720-like 109-234 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767478.1`	Pfam	`PF03754`	At2g31720-like	Domain	109	234	2.5e-27	96.1	B3 domain-containing protein At2g31720-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911495.1
ACAAAAAAAGAAAAAAAAAAAACGAATCGAAGATGGTGTTCAGGAATATAACAATCGATGATCTGAAAGATAAGCTTGACATGAAAGGCAGTATGTTCGACGTTTTGGTGGCGACGGCGCAACGCGCGAAAGAGATACTCGACAAAGAGGAAGCAGAAGCAAAAGCAGAAGGAGAAGCAGAAGCAGCGCAAAAACCACCGCGGCCGAAGAGGAGAAGAGATGAGAGACCCGGCGTGCCCAAGATATCCGACAAGAGAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987812
ATGGTGTTCAGGAATATAACAATCGATGATCTGAAAGATAAGCTTGACATGAAAGGCAGTATGTTCGACGTTTTGGTGGCGACGGCGCAACGCGCGAAAGAGATACTCGACAAAGAGGAAGCAGAAGCAAAAGCAGAAGGAGAAGCAGAAGCAGCGCAAAAACCACCGCGGCCGAAGAGGAGAAGAGATGAGAGACCCGGCGTGCCCAAGATATCCGACAAGAGAAGAAAGCCGGCCGACAACGGGCCCCCCGTGGAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767478.1
MVFRNITIDDLKDKLDMKGSMFDVLVATAQRAKEILDKEEAEAKAEGEAEAAQKPPRPKRRRDERPGVPKISDKRRKPADNGPPVEQSPLPEEFKKAIEEMHVGSVVTPATLVIQKGLFGTDLSGGHNRLSIPISQIKDDFLTEEEKHHLRTYNESNKKKNFMEVKIVQPSLAPETVKFCRWDMPKKGGGKTSSSYVINGKWNSIVEKNKLKLGMVVQLWCFRVDQDLCFALVRLPRNNHA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器