当前解析结果
SmilChr06G000274| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000274 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000274 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G000274 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 1871867 - 1875799 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130987822 |
|---|---|
| GeneID | 130987822 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987822 |
| 原始查询 | LOC130987822 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | SAP domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836465]; symbol=AT5G63460; hit=AT5G63460; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | SAP domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836465]; symbol=AT5G63460; hit=AT5G63460; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G63460 (AT5G63460)SAP domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836465] identity=60.3; qcov=0.849; evalue=2.03e-54; confidence=high |
| Rice | Os11g0483600- identity=48.8; qcov=0.942; evalue=4.64e-41; confidence=medium |
| GO | GO:0032436 (positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0080008 (Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02037 (SAP); PF10172 (DDA1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987822 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057767497.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057767497.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767497.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057767497.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057767497.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:1873285 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B34,C63,D11 |
Chr6:1875326 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A24,B100 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767497.1PF10172
DDA1 36-93 aa
PF02037
SAP 137-169 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767497.1 |
Pfam | PF10172 |
DDA1 | Family | 36 | 93 | 1.1e-15 | 58.3 | Det1 complexing ubiquitin ligase |
XP_057767497.1 |
Pfam | PF02037 |
SAP | Domain | 137 | 169 | 1.8e-10 | 40.9 | SAP domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。