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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000233

染色体: Chr06 坐标: 1560577-1562761 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000233
名称SmilChr06G000233
描述uncharacterized SmilChr06G000233
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向1560577 - 1562761 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987829
GeneID130987829
locus_tag-
NCBI NameLOC130987829
原始查询LOC130987829

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os09g0473966; species=rice; confidence=low
产物hit=Os09g0473966; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G60840 (AT5G60840)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836205]
identity=41.9; qcov=0.681; evalue=6.48e-10; confidence=low
RiceOs09g0473966
-
identity=36; qcov=0.945; evalue=1.38e-11; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987829

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057767511.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057767511.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767511.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767511.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767511.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:1561125 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 145 A1,A10,A11,A15,A18,A21,A24,A3,A6,A7,A8,B10,B100,B105,B106,B107,B108,B11,B110,B113,B114,B115,B118,B12,B120,B122,B126,B128,B130,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B140,B15,B18,B2,B20,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B29,B31,B32,B33,B34,B36,B38,B42,B43,B44,B46,B47,B5,B50,B51,B52,B55,B56,B58,B60,B61,B67,B68,B69,B71,B73,B75,B77,B8,B80,B82,B83,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B94,B99,C1,C10,C12,C13,C14,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C23,C24,C27,C29,C30,C31,C32,C36,C39,C4,C40,C42,C45,C47,C48,C49,C5,C54,C55,C56,C57,C59,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C68,C72,C74,C75,C81,C82,C83,C84,C86,C87,D10,D11,D2,D4
Chr6:1561173 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C18,C37,D7
Chr6:1561200 GGC G 2bp_deletion frameshift_variant 1 C24
Chr6:1561200 GGC G 2bp_deletion CDS_variant 1 C24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911528.1
CCAATAAATAAGCCCACATTTATAATAATATAACTATATTCAAGCCCAAAATTTATTCAAGCCTTAGCCCACACGCTGCCACAAATTAGGGTTTGCCCACTTACGGCGCAGAAGCGAGAAAGCGAGGAAGCGAGCGGCGCCGGCGGGGGCGGCGTGGAGGCGCGGTTAGGGTAACAGGAAGAATGGGATAGAAATTAGAAGAAAAGAAGTGGAAGATATTGCTTGAGCATTCATGGATAGCAGAGAGCATATTGAGAAGT...
XM_057911529.1
AATATAACTATATTCAAGCCCAAAATTTATTCAAGCCTTAGCCCACACGCTGCCACAAATTAGGGTTTGCCCACTTACGGCGCAGAAGCGAGAAAGCGAGGAAGCGAGCGGCGCCGGCGGGGGCGGCGTGGAGGCGCGGTTAGGGTAACAGGAAGAATGGGATAGAAATTAGAAGAAAAGAAGTGGAAGATATTGCTTGAGCTGAATCTATATAGCTGACCTAAGGCTGTAAAGTTGTACTGAGTTCTATGCTGTATTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130987829
ATGGATAGCAGAGAGCATATTGAGAAGTTCAAGAAGTATGAGGCTGAATTTAAACAATATTTGATGTCAAAATACTTCTCAGACAAGACTATATTTGGAGGCAATATATTCGATGTGAAGATGAATATAGATGGACAAACTATTACTGCTAGCAGGTTGCCACCATACCAATCCTATCTAGATCCAGCGACTTTCGATGAAATGATAAGCAAAGGGTCAAGTTCTTCAGCAGAAACCCCATCAACTAGTACTTCAAATGG...
LOC130987829
ATGGATAGCAGAGAGCATATTGAGAAGTTCAAGAAGTATGAGGCTGAATTTAAACAATATTTGATGTCAAAATACTTCTCAGACAAGACTATATTTGGAGGCAATATATTCGATGTGAAGATGAATATAGATGGACAAACTATTACTGCTAGCAGGTTGCCACCATACCAATCCTATCTAGATCCAGCGACTTTCGATGAAATGATAAGCAAAGGGTCAAGTTCTTCAGCAGAAACCCCATCAACTAGTACTTCAAATGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057767511.1
MDSREHIEKFKKYEAEFKQYLMSKYFSDKTIFGGNIFDVKMNIDGQTITASRLPPYQSYLDPATFDEMISKGSSSSAETPSTSTSNGKPSI
XP_057767512.1
MDSREHIEKFKKYEAEFKQYLMSKYFSDKTIFGGNIFDVKMNIDGQTITASRLPPYQSYLDPATFDEMISKGSSSSAETPSTSTSNGKPSI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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