当前解析结果
SmilChr06G000324| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000324 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000324 |
| 描述 | NAC domain-containing protein 83-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 2369764 - 2371199 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130987860 |
|---|---|
| GeneID | 130987860 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987860 |
| 原始查询 | LOC130987860 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NAC domain-containing protein 83-like |
| 产物 | NAC domain-containing protein 83-like |
| Arabidopsis | AT5G13180 (NAC083)NAC domain containing protein 83 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831157] identity=45.5; qcov=0.921; evalue=1.58e-43; confidence=medium |
| Rice | Os08g0535800 (ONAC005)- identity=41.4; qcov=0.885; evalue=5.05e-32; confidence=medium |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02365 (NAM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987860 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057767548.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767548.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057767548.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057767548.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057767548.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:2369992 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B84 |
Chr6:2370022 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B24,B84 |
Chr6:2370088 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B58 |
Chr6:2370088 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B58 |
Chr6:2370674 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B136 |
Chr6:2370674 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B136 |
Chr6:2370772 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 44 | A25,A3,A7,B107,B109,B111,B112,B113,B118,B121,B124,B132,B22,B24,B27,B3,B35,B37,B5,B51,B56,B63,B65,B69,B71,B76,B78,B83,B96,B98,C12,C16,C21,C23,C26,C36,C45,C53,C55,C6,C62,C70,C73,C81 |
Chr6:2371053 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A11,B104,B46,C78 |
Chr6:2371115 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,A23,B105,B131 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767548.1PF02365
NAM 12-127 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767548.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 12 | 127 | 8.4e-32 | 110.9 | No apical meristem (NAM) protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。