当前解析结果
SmilChr06G000307| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000307 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000307 |
| 描述 | 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase 21, chloroplastic-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 2221266 - 2224612 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130987863 |
|---|---|
| GeneID | 130987863 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987863 |
| 原始查询 | LOC130987863 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase 21, chloroplastic-like |
| 产物 | 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase 21%2C chloroplastic-like |
| Arabidopsis | AT3G60290 (AT3G60290)2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825200] identity=44.6; qcov=0.953; evalue=4.56e-29; confidence=medium |
| Rice | Os04g0667400 (OsSTA135)- identity=41.1; qcov=0.882; evalue=1.82e-25; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14226 (DIOX_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987863 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057767552.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057767552.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057767552.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767552.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057767552.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:2222948 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B97 |
Chr6:2222948 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr6:2223010 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B15,B54,C1,C16,C77 |
Chr6:2223083 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C38 |
Chr6:2223097 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B12,B136,B55,B88,C2 |
Chr6:2223143 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B107 |
Chr6:2224149 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C6,C87 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767552.1PF14226
DIOX_N 11-107 aa
XP_057767553.1PF14226
DIOX_N 11-107 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767552.1 |
Pfam | PF14226 |
DIOX_N | Family | 11 | 107 | 5.9e-19 | 69.6 | non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal |
XP_057767553.1 |
Pfam | PF14226 |
DIOX_N | Family | 11 | 107 | 5.9e-19 | 69.6 | non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。