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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000335

染色体: Chr06 坐标: 2513466-2521848 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000335
名称SmilChr06G000335
描述protein DEFECTIVE IN MERISTEM SILENCING 3-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向2513466 - 2521848 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987882
GeneID130987882
locus_tag-
NCBI NameLOC130987882
原始查询LOC130987882

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein DEFECTIVE IN MERISTEM SILENCING 3-like
产物protein DEFECTIVE IN MERISTEM SILENCING 3-like
ArabidopsisAT3G49250 (DMS3)
defective in meristem silencing 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824086]
identity=47.6; qcov=0.981; evalue=7.15e-117; confidence=high
RiceOs01g0235200 (P0708G02.4-1)
-
identity=46.3; qcov=0.87; evalue=4.38e-117; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987882

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767567.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057767567.1
3 Telomere 端粒 0.40000 XP_057767567.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767567.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767567.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:2513673 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B44,C13,C37,C83,D6
Chr6:2516308 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 7 B118,B126,B19,B41,B44,C65,D3
Chr6:2516311 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 7 B118,B126,B19,B41,B44,C65,D3
Chr6:2516401 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,C87
Chr6:2516526 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B131
Chr6:2516899 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B46,C78
Chr6:2517208 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr6:2517259 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr6:2517283 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr6:2517436 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911584.1
AGATACATATGGTGGCACAGCAAATGATGAGGTCAGATGTGATTCGACCCATATAGCAGGTTCAGGTGTGCAGGCCATTTGTATTTAGACGTTTCCACTTTCCAGTACTACTTCGCCGCTTCCCTCATCGCACAACTCTCACTTTCTGCACCGCCCGCCGCCACCGCTGCCGACAACACCGACGATGTTTGGTACCGGAGAGCGACGGCGGATGTCCATCGACTTTGATCCACTGTCAATTGACTCGAGAGCATTGGTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987882
ATGTTTGGTACCGGAGAGCGACGGCGGATGTCCATCGACTTTGATCCACTGTCAATTGACTCGAGAGCATTGGTCGTCTCTGACCCAGCACTTAACCCTGTCGGAGGGAATTCGCCTTTCCCAAGGGAGGATGTGCAACAACGTCTGCATGATACAAGTGTTGGATCAGTTTTTAGCAATTCTAAGAAACTTGAAGATGATCTGCAGCAGCTGGGAGAAAAAATTAAGCATCATGAGGACAATGTCAGCTACTTAAAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767567.1
MFGTGERRRMSIDFDPLSIDSRALVVSDPALNPVGGNSPFPREDVQQRLHDTSVGSVFSNSKKLEDDLQQLGEKIKHHEDNVSYLKTLRNKLEDSIVDMQVAIGKHHATLFKEENEKAAYVESEKETIQHIMKYEKSAAALLCKIKSEAQFIDHLLTKDVVGVVATLGKVDDANLSRILSEYLGLETMLAVVCKSSEGVKTLEAYTRDGLINKGSGIHEFAASMGRHLDGRFDVICLENLRPYAGGLIADDPQRRLNLLK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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