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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000345

染色体: Chr06 坐标: 2617274-2619777 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000345
名称SmilChr06G000345
描述uncharacterized SmilChr06G000345
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向2617274 - 2619777 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987892
GeneID130987892
locus_tag-
NCBI NameLOC130987892
原始查询LOC130987892

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNA-directed RNA polymerase III subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828101]; symbol=AT4G01590; hit=AT4G01590; species=arabidopsis; confidence=low
产物DNA-directed RNA polymerase III subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828101]; symbol=AT4G01590; hit=AT4G01590; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT4G01590 (AT4G01590)
DNA-directed RNA polymerase III subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828101]
identity=30.6; qcov=0.716; evalue=1.22e-13; confidence=low
Rice-
-
GOGO:0005666 (RNA polymerase III complex); GO:0006383 (transcription by RNA polymerase III)
KEGGsmil03020 (RNA polymerase - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987892

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767578.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057767578.1
3 Nucleolar fibrillar center Nucleolar fibrillar center 0.40000 XP_057767578.1
4 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057767579.1
5 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057767578.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:2619533 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911596.1
AATCAATTGACACTTAAATTGAAAACATTAAATTAATATGATTATATTAATTTAATATTTTCTCGTATACTTCATTAAGATACAAGCAGAAGCAGTGCGCCGCCCTCACCTAGTCTTTCTGCGCCCTGCCTCCTTCGGCCTCGGTGCCTCCGTCCGGCGACTCCGCAGCAGCAGCCGTAACGCCCAAGTTCCCAACAGAAGGTAAGGCGACCGTATAATACATGGCATTCAGAGGAGGGGGCCGCGGCGGCCGTGGCCGT...
XM_057911595.1
ATTTTCTCGTATACTTCATTAAGATACAAGCAGAAGCAGTGCGCCGCCCTCACCTAGTCTTTCTGCGCCCTGCCTCCTTCGGCCTCGGTGCCTCCGTCCGGCGACTCCGCAGCAGCAGCCGTAACGCCCAAGTTCCCAACAGAAGGTAAGGCGACCGTATAATACATGGCATTCAGAGGAGGGGGCCGCGGCGGCCGTGGCCGTGGCCGTGGCCGTGGACCGCCTAGGGCGAACGAACTGGCTTTCGATTATTTTCCGGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130987892
ATGGCATTCAGAGGAGGGGGCCGCGGCGGCCGTGGCCGTGGCCGTGGCCGTGGACCGCCTAGGGCGAACGAACTGGCTTTCGATTATTTTCCGGAAATCGAGTGTTTAGGAGCTGTGAATTACACTAAGGAAGAAGTAAGAAAGTATTCTCAGTTCGTGAATTGGTCACAGAATCTGCAGACCTTTTTCGAGACATCTCCTTACCATTACGAAGATAAAAGCCTAACCCTTGAGAAAGTGCAAAAAGTGGACATAGCTAG...
LOC130987892
ATGGCATTCAGAGGAGGGGGCCGCGGCGGCCGTGGCCGTGGCCGTGGCCGTGGACCGCCTAGGGCGAACGAACTGGCTTTCGATTATTTTCCGGAAATCGAGTGTTTAGGAGCTGTGAATTACACTAAGGAAGAAGTAAGAAAGTATTCTCAGTTCGTGAATTGGTCACAGAATCTGCAGACCTTTTTCGAGACATCTCCTTACCATTACGAAGATAAAAGCCTAACCCTTGAGAAAGTGCAAAAAGTGGACATAGCTAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057767578.1
MAFRGGGRGGRGRGRGRGPPRANELAFDYFPEIECLGAVNYTKEEVRKYSQFVNWSQNLQTFFETSPYHYEDKSLTLEKVQKVDIARFSDKKSQETTVEQPLWHLIMMDKDHMPAELARGEKRIVRRVQWDKDIDLNKLDHFEKLEENSKGKEGEDEEEEPEEEENIEDGELSDDDYVKGEYCDDDEDDFNMAEEDGIMLDLAHAFFHPYLCFL
XP_057767579.1
MAFRGGGRGGRGRGRGRGPPRANELAFDYFPEIECLGAVNYTKEEVRKYSQFVNWSQNLQTFFETSPYHYEDKSLTLEKVQKVDIARFSDKKSQETTVEQPLWHLIMMDKDHMPAELARGEKRIVRRVQWDKDIDLNKLDHFEKLEENSKGKEGEDEEEEPEEEENIEDGELSDDDYVKGEYCDDDEDDFNMAEEDDEPIY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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