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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000356

染色体: Chr06 坐标: 2723932-2729269 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000356
名称SmilChr06G000356
描述potassium channel SKOR-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向2723932 - 2729269 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987905
GeneID130987905
locus_tag-
NCBI NameLOC130987905
原始查询LOC130987905

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述potassium channel SKOR-like
产物potassium channel SKOR-like
ArabidopsisAT3G02850 (SKOR)
STELAR K+ outward rectifier [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821052]
identity=61.1; qcov=0.93; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0250600 (OsK5.2)
-
identity=61.5; qcov=0.924; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005249 (voltage-gated potassium channel activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0006813 (potassium ion transport); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00023 (Ank); PF00027 (cNMP_binding); PF00520 (Ion_trans); PF07885 (Ion_trans_2); PF12796 (Ank_2); PF13606 (Ank_3); PF13637 (Ank_4); PF13857 (Ank_5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987905

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057767593.1
2 Dendrite Dendrite 0.20000 XP_057767593.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767593.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767593.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767593.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:2724165 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr6:2724338 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B110,B28
Chr6:2724437 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B43,B96,C25,C54
Chr6:2724550 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B3,B96,C59
Chr6:2724558 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B3,B96,C59,C63
Chr6:2724888 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B45,C55,C85
Chr6:2726188 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B118,B27,C77
Chr6:2726338 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr6:2727771 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C17
Chr6:2727849 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B55,B67,C49,D11
Chr6:2728090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr6:2728113 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767593.1
719 aa
N
1
360
719
Ion_trans
Ion_trans_2
cNMP_binding
Ank_2
Ank_4
Ank_5
Ank_3
Ank
Ank_4
Ank_2
Ank_5
Ank
C
PF00520 Ion_trans 60-308 aa PF07885 Ion_trans_2 248-304 aa PF00027 cNMP_binding 398-483 aa PF12796 Ank_2 528-616 aa PF13637 Ank_4 529-576 aa PF13857 Ank_5 542-593 aa PF13606 Ank_3 555-583 aa PF00023 Ank 555-587 aa PF13637 Ank_4 624-673 aa PF12796 Ank_2 624-705 aa PF13857 Ank_5 639-693 aa PF00023 Ank 654-684 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767593.1 Pfam PF00520 Ion_trans Family 60 308 8.7e-25 88.0 Ion transport protein
XP_057767593.1 Pfam PF07885 Ion_trans_2 Family 248 304 1.1e-08 35.6 Ion channel
XP_057767593.1 Pfam PF00027 cNMP_binding Domain 398 483 7e-12 45.9 Cyclic nucleotide-binding domain
XP_057767593.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 528 616 1.2e-25 90.6 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057767593.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 529 576 7.5e-26 90.3 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057767593.1 Pfam PF13857 Ank_5 Repeat 542 593 1e-18 67.9 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057767593.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 555 583 1.4e-15 56.3 Ankyrin repeat
XP_057767593.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 555 587 2.7e-25 87.7 Ankyrin repeat
XP_057767593.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 624 673 7.5e-26 90.3 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057767593.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 624 705 1.2e-25 90.6 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057767593.1 Pfam PF13857 Ank_5 Repeat 639 693 1e-18 67.9 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057767593.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 654 684 2.7e-25 87.7 Ankyrin repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911610.1
CGTGAAGTGAATGAGAGTAAACAAATTACCCCTATCATGTCAACGCAACAGTGAACACCGCATACTCGTATAATTATATAACAGCAAAAAATGAAAATTATGATAGAAATGAATAAGTGAAACACAGCATAACCAAATCTGTAGAAGAAGAAGAAGATGGAGAGGAATAGAAACAGAGGAAGAGAAGAAAACGAGAAGGAATCCGAAGGCGATGAACAACGGTACAGCGTCGACCTTCTCCGAAACTACTCCACACAGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987905
ATGGAGAGGAATAGAAACAGAGGAAGAGAAGAAAACGAGAAGGAATCCGAAGGCGATGAACAACGGTACAGCGTCGACCTTCTCCGAAACTACTCCACACAGGTTTCCTTCAGCTTCCGCCACTCCCAATCGCAATCGCACGAATTCATCATCCGCCCCGATAACAGGTGGTACGTCGCTTGGTCGAATTTCATCCTGATATGGGCAATCTACTCCTCCTTCTTCACGCCGCTCGAATTCGGCTTCTTCAGAGGCTTACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767593.1
MERNRNRGREENEKESEGDEQRYSVDLLRNYSTQVSFSFRHSQSQSHEFIIRPDNRWYVAWSNFILIWAIYSSFFTPLEFGFFRGLPENLFLLDVAGQFTFSVDIFVSFFVAYTDAHSYCLVYDRRLIAARYLKSRFLIDLLGCLPWDLIYRRCGEKELVRYMLWIRLSRAVRVTDFFEKMEKDTRVNYLFTRIVKLFVVELYCTHTAACIFYYLATTLPASEEAHTWIGSLQLGDYSYTNFRHIDLWTRYITALYFAVV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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