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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000372

染色体: Chr06 坐标: 2867019-2873803 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000372
名称SmilChr06G000372
描述putative 3,4-dihydroxy-2-butanone kinase
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向2867019 - 2873803 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987919
GeneID130987919
locus_tag-
NCBI NameLOC130987919
原始查询LOC130987919

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative 3,4-dihydroxy-2-butanone kinase
产物putative 3%2C4-dihydroxy-2-butanone kinase
ArabidopsisAT3G17770 (AT3G17770)
Dihydroxyacetone kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821045]
identity=80.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0719300 (B1377B10.5)
-
identity=77; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004371 (glycerone kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005829 (cytosol); GO:0019563 (glycerol catabolic process)
KEGG-
PfamPF02733 (Dak1); PF02734 (Dak2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987919

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057767607.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057767608.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767607.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767607.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767607.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:2867249 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,C11,D5
Chr6:2867260 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,C11,D5
Chr6:2867314 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B7,B83,D5
Chr6:2867350 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr6:2867569 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C30
Chr6:2867569 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C30
Chr6:2871636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr6:2873734 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 37 A18,A5,A7,B102,B111,B113,B118,B132,B2,B21,B31,B38,B39,B4,B47,B48,B6,B61,B71,B78,B9,B93,B97,B99,C10,C19,C20,C22,C39,C42,C52,C57,C62,C67,C72,D11,D9
Chr6:2873742 T TAG 2bp_insertion frameshift_variant 5 B17,C47,C5,C68,D8
Chr6:2873742 T TAG 2bp_insertion CDS_variant 5 B17,C47,C5,C68,D8
Chr6:2873744 T TAC 2bp_insertion frameshift_variant 3 B49,B79,C78
Chr6:2873744 T TAC 2bp_insertion CDS_variant 3 B49,B79,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767607.1
627 aa
N
1
314
627
Dak1
Dak2
C
PF02733 Dak1 57-374 aa PF02734 Dak2 442-616 aa
XP_057767608.1
593 aa
N
1
296
593
Dak1
Dak2
C
PF02733 Dak1 22-339 aa PF02734 Dak2 407-582 aa
XP_057767609.1
639 aa
N
1
320
639
Dak1
Dak2
C
PF02733 Dak1 68-385 aa PF02734 Dak2 453-628 aa
XP_057767610.1
592 aa
N
1
296
592
Dak1
Dak2
C
PF02733 Dak1 22-339 aa PF02734 Dak2 407-581 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767607.1 Pfam PF02733 Dak1 Family 57 374 1.5e-115 386.1 Dak1 domain
XP_057767607.1 Pfam PF02734 Dak2 Family 442 616 2.4e-42 145.5 DAK2 domain
XP_057767608.1 Pfam PF02733 Dak1 Family 22 339 1.3e-115 386.3 Dak1 domain
XP_057767608.1 Pfam PF02734 Dak2 Family 407 582 4.3e-42 144.7 DAK2 domain
XP_057767609.1 Pfam PF02733 Dak1 Family 68 385 1.6e-115 386.0 Dak1 domain
XP_057767609.1 Pfam PF02734 Dak2 Family 453 628 4.9e-42 144.5 DAK2 domain
XP_057767610.1 Pfam PF02733 Dak1 Family 22 339 1.3e-115 386.3 Dak1 domain
XP_057767610.1 Pfam PF02734 Dak2 Family 407 581 2.2e-42 145.6 DAK2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911626.1
TCTCGTAGCGATTTCTTAGCTGGACATTGAATAAATGTGTGCCGTGCGTGTGTATATATATATATATATGTATATTTATTTAATTTCTTGTTCGGACAAGCAAAATGCATTAAAATCAACAACTATTCAACAGTCAGGGATTGCTAATTGGACTGTGCGCACGCATTTACCCATGGATTTTCACAGCAAGAAACTCATTAATGACCCAAACGACGTCGTGACAGAGTTCATTGAGGGTCTGGTTGAAACCTATCCTGGGT...
XM_057911624.1
ATATGTATATTTATTTAATTTCTTGTTCGGACAAGCAAAATGCATTAAAATCAACAACTATTCAACAGTCAGGGATTGCTAATTGGACTGTGCGCACGCATTTACCCATGGATTTTCACAGCAAGAAACTCATTAATGACCCAAACGACGTCGTGACAGAGTTCATTGAGGGTCTGGTTGAAACCTATCCTGGGTTGCAGTATTTGGATGGTTTCCCTGATGTAAAAGTTGTATTACGTGCTGATGTTTCTGGTGCCACT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130987919
ATGTGTGCCGTGCGTGTGTATATATATATATATATGTATATTTATTTAATTTCTTGTTCGGACAAGCAAAATGCATTAAAATCAACAACTATTCAACAGTCAGGGATTGCTAATTGGACTGTGCGCACGCATTTACCCATGGATTTTCACAGCAAGAAACTCATTAATGACCCAAACGACGTCGTGACAGAGTTCATTGAGGGTCTGGTTGAAACCTATCCTGGGTTGCAGTATTTGGATGGTTTCCCTGATGTAAAAGT...
LOC130987919
ATGTATATTTATTTAATTTCTTGTTCGGACAAGCAAAATGCATTAAAATCAACAACTATTCAACAGTCAGGGATTGCTAATTGGACTGTGCGCACGCATTTACCCATGGATTTTCACAGCAAGAAACTCATTAATGACCCAAACGACGTCGTGACAGAGTTCATTGAGGGTCTGGTTGAAACCTATCCTGGGTTGCAGTATTTGGATGGTTTCCCTGATGTAAAAGTTGTATTACGTGCTGATGTTTCTGGTGCCACTTA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057767607.1
MYIYLISCSDKQNALKSTTIQQSGIANWTVRTHLPMDFHSKKLINDPNDVVTEFIEGLVETYPGLQYLDGFPDVKVVLRADVSGATYDKVAVISGGGSGHEPAHAGFVGEGMLTAAICGDVFASPPVDSILAGIRAVTGPSGCLLIVKNYTGDRLNFGLAAEQAKSEGYKVEMVIVGDDCALPPPRGIAGRRGLAGTILVHKIAGAAAASGLSLEEVAAEAKRASDMVGTMGVALSVCTLPGQVTPDRLGPGKMELGLGI...
XP_057767608.1
MDFHSKKLINDPNDVVTEFIEGLVETYPGLQYLDGFPDVKVVLRADVSGATYDKVAVISGGGSGHEPAHAGFVGEGMLTAAICGDVFASPPVDSILAGIRAVTGPSGCLLIVKNYTGDRLNFGLAAEQAKSEGYKVEMVIVGDDCALPPPRGIAGRRGLAGTILVHKIAGAAAASGLSLEEVAAEAKRASDMVGTMGVALSVCTLPGQVTPDRLGPGKMELGLGIHGEPGAAVADLQPVDIVVSHVLKQILSAETNYVPI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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