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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000379

染色体: Chr06 坐标: 2950347-2952253 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000379
名称SmilChr06G000379
描述nudix hydrolase 18, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向2950347 - 2952253 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987927
GeneID130987927
locus_tag-
NCBI NameLOC130987927
原始查询LOC130987927

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nudix hydrolase 18, mitochondrial-like
产物nudix hydrolase 18%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G14860 (NUDT18)
nudix hydrolase homolog 18 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838051]
identity=56.1; qcov=0.853; evalue=9.09e-65; confidence=high
RiceOs02g0734300
-
identity=49.7; qcov=0.763; evalue=1.6e-46; confidence=medium
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016462 (pyrophosphatase activity)
KEGG-
PfamPF00293 (NUDIX)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987927

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057767618.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057767618.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057767618.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767618.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767618.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:2950594 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr6:2950684 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:2951858 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767618.1
211 aa
N
1
106
211
NUDIX
C
PF00293 NUDIX 51-161 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767618.1 Pfam PF00293 NUDIX Domain 51 161 1.9e-10 41.5 NUDIX domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911635.1
GGATGAACATCCCAACCATTTCAGTTATCCATAATAAAGCTTCAATTATTGCCTTCCATTTGTCGTCTCCCAACAACAACAAAGCGAAGCACAAATTAGTGCTTACCAATTTGCATTTTTTAATTCTTGGACATACGAGTATCATATTTCAGAGACGCAGATTGTCGCCATTGCCGATTTTTCTGGAGCTAATCGCAACTGTTTTTAACCGAAATTCACCCCTTCTTTTACTTACTGAGTCTTTTGATTTCTTTGGAGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987927
ATGCAAATCAAGAAGCTCGTTTCTTTGCCGTCTCGCACCGGGAGGCATCTGCAGCGCTATAATAAGGGATTTCGTCAGGTTGTTGGATGTATTCCATATAGAATCAGAGACACCAAAAAGACTCATTTGATCGATGACATCACACTTGATGATTTGGAGATCCTTTTGATCAGCTCTCAAAAGAGTACAAGACTTATGTTCCCCAAGGGTGGATGGGAACTCGATGAAGATATCCAATTGGCAGCTTCACGAGAGACCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767618.1
MQIKKLVSLPSRTGRHLQRYNKGFRQVVGCIPYRIRDTKKTHLIDDITLDDLEILLISSQKSTRLMFPKGGWELDEDIQLAASRETLEEAGVVGLLGEKLGEWIFKSKSQEKYHEGSMFPLYVTEELEVWPEKSLRHRVWMTVDEAREACAAVWMKEALEEFVCQFTCRSREVEEDASCLLLALCGSEDLSFTIGAQTADNEVDCYLNLIS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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