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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000406

染色体: Chr06 坐标: 3308612-3319574 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000406
名称SmilChr06G000406
描述uncharacterized SmilChr06G000406
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向3308612 - 3319574 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987954
GeneID130987954
locus_tag-
NCBI NameLOC130987954
原始查询LOC130987954

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829968]; symbol=AT4G38120; hit=AT4G38120; species=arabidopsis; confidence=low
产物ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829968]; symbol=AT4G38120; hit=AT4G38120; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT4G38120 (AT4G38120)
ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829968]
identity=57.1; qcov=0.462; evalue=4.79e-11; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987954

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767654.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057767653.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057767653.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057767654.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057767655.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:3310431 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 13 A9,B26,C1,C17,C20,C21,C28,C31,C4,C40,C57,C6,C78
Chr6:3310460 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 11 B130,B63,B64,B83,B98,C22,C24,C4,C65,C72,C76
Chr6:3310483 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:3310486 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B12,B37,B84,C61
Chr6:3311243 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B31,B8,C3,C8
Chr6:3311248 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B29,B69
Chr6:3311311 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B18,B3,C49,C9
Chr6:3311311 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B18,B3,C49,C9
Chr6:3311325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr6:3311394 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 10 B11,B120,B21,B41,B59,B89,B9,C3,C54,C74
Chr6:3311443 A AT 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 1 C58
Chr6:3311443 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

16 records

下载 cDNA FASTA
XR_009089889.1
ATTATTTCCATCTGCTTGTGACTAGTTTTTAGCTTTTATCTTAACTAGTATTGTACCCGTGCGGTATGTACATTTATCAATTTACAAGACAAAATATTTTGATTAATCAACATACATAAATGTAATGGGATGTCAATGTAGCTAGAAATTTGTAGATTGAGCAGAACAAATCGAGTAATAAACAATTGAAATTTTATTGGACAATGCTAATGAAAAACAAAGTCTATGAAGCACCAGTACGTTTCTGAGGGTAGCGTCCG...
XR_009089887.1
TATTTCCATCTGCTTGTGACTAGTTTTTAGCTTTTATCTTAACTAGTATTGTACCCGTGCGGTATGTACATTTATCAATTTACAAGACAAAATATTTTGATTAATCAACATACATAAATGTAATGGGATGTCAATGTAGCTAGAAATTTGTAGATTGAGCAGAACAAATCGAGTAATAAACAATTGAAATTTTATTGGACAATGCTAATGAAAAACAAAGTCTATGAAGCACCAGTACGTTTCTGAGGGTAGCGTCCGAG...

CDS

9 records

下载 CDS FASTA
LOC130987954
ATGAAGCGGCGCAAATCCCAGCCCGTTCTCCGCCGTCGCGACTGCCGCCGCCGATGTTCTGGAGCAGTTCATGAATTGGAGTGTGAATTGGGTATATATTGGGGATATTCAAGAATGCCACCTGAGCTGCTCTGTAGGGTTATCTCTTCACTCCAATCAACAATTGAAGAGGGGTTTCCATATCATAATGATCGGAATATCTTGCTGGCTGCAGCAATTATTTGCTTAACTAAGCTCTTTCTGTGTCTGCCTCAACGTGT...
LOC130987954
ATGCGTTTGATAGCATCTACACCATATTCAAGAATGCCACCTGAGCTGCTCTGTAGGGTTATCTCTTCACTCCAATCAACAATTGAAGAGGGGTTTCCATATCATAATGATCGGAATATCTTGCTGGCTGCAGCAATTATTTGCTTAACTAAGCTCTTTCTGTGTCTGCCTCAACGTGTGTCAACAATATGCTGCTGGGAGAAGTTTCAACAGCTCGGTAACAAACTGCTTCTTCCAGCGCGCGCCCCATTCGTTCCGCC...

Protein

9 records

下载 Protein FASTA
XP_057767652.1
MKRRKSQPVLRRRDCRRRCSGAVHELECELGIYWGYSRMPPELLCRVISSLQSTIEEGFPYHNDRNILLAAAIICLTKLFLCLPQRVSTICCWEKFQQVNSQYFLFHSILLGRLDRYDRSILTLYYKILQIKIDKFFFYLFIDSWQKGTIGIESSRFCYSQ
XP_057767653.1
MKRRKSQPVLRRRDCRRRCSGAVHELECELDIQECHLSCSVGLSLHSNQQLKRGFHIIMIGISCCFGSILQAAAIICLTKLFLCLPQRVSTICCWEKFQQLGNKLLLPARAPFVPPITIQSVIWTIPQYLVHSQQNIFFVRR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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