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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000409

染色体: Chr06 坐标: 3383304-3386657 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000409
名称SmilChr06G000409
描述GDSL esterase/lipase At5g45920-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向3383304 - 3386657 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987962
GeneID130987962
locus_tag-
NCBI NameLOC130987962
原始查询LOC130987962

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase At5g45920-like
产物GDSL esterase/lipase At5g45920-like
ArabidopsisAT5G45920 (AT5G45920)
SGNH hydrolase-type esterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834632]
identity=60.8; qcov=1.01; evalue=2.69e-101; confidence=high
RiceOs01g0214200 (OsGELP1)
-
identity=56.3; qcov=1.01; evalue=5.37e-88; confidence=high
GOGO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL); PF13472 (Lipase_GDSL_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987962

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057767675.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057767675.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767675.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767675.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767675.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:3383736 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C58
Chr6:3383736 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 C58
Chr6:3383942 CAG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B84
Chr6:3383942 CAG C 2bp_deletion CDS_variant 1 B84
Chr6:3383953 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr6:3386076 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 3 B12,B55,C2
Chr6:3386076 TG T 1bp_deletion CDS_variant 3 B12,B55,C2
Chr6:3386319 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B27,B28,B43,B72,C42
Chr6:3386441 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767675.1
235 aa
N
1
118
235
Lipase_GDSL
Lipase_GDSL_2
C
PF00657 Lipase_GDSL 5-200 aa PF13472 Lipase_GDSL_2 7-194 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767675.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 5 200 2.9e-26 93.6 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase
XP_057767675.1 Pfam PF13472 Lipase_GDSL_2 Domain 7 194 4e-27 96.6 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911692.1
TTTAAGGAATATATCTATAGTTTAATTGTGTAAACAAAGGAAATATTAAAATAAAATTGTTCACTACCATAAATATTTGTCGAAGAGTAGGAGGGGTAAATTAGACTTTGAATTAGATAATTAATGCTTGAATCTGTCTAAAAATAAGTGAACCTATTTAGTGAAATTTTGGAGGGTATTATGTATATCCATATTCTTACCCCTTTGTCTACACAAATCACCACCACCTGTTGAGCTGTTCTCTACCTTAATAAACTTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987962
ATGAGGCCCAAAATTTATCTGTTCGGCGACTCAATCACTGAGATGTCGTTCGGCGACGGCGGATGGGGTGCTTCTCTCGCAAATCACTTCGCTCGCCAGGCGGATGTGGTGTTGAGAGGGTATGGCGGTTACAACACCAGATGGGCTCTCAAGGTCATCCACAAAATCTTTCCGGCCACCGGCGAAGCTCCGCTCGCGGTCACGGTGTTCTTCGGCGCCAATGACTTATCGCTACCGGACAGATACTGCGGCTCTCTACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767675.1
MRPKIYLFGDSITEMSFGDGGWGASLANHFARQADVVLRGYGGYNTRWALKVIHKIFPATGEAPLAVTVFFGANDLSLPDRYCGSLHVPLDEYKHNLLAIVAFFKKQWPSTRIILITPPPIDEDARHLNPFDNNSWGPPDRTNEVAGRYAKHCLDVAAECGLPAIPLWQKMQQLPDWKKALLCDGLHPTQQGNKFVFEEVINLLAQEQISLETLPADFPLISEMDLNDPLKSFAI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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