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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002893

染色体: Chr01 坐标: 47615292-47616132 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002893
名称SmilChr01G002893
描述pectinesterase inhibitor 3
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向47615292 - 47616132 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987970
GeneID130987970
locus_tag-
NCBI NameLOC130987970
原始查询LOC130987970

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pectinesterase inhibitor 3
产物pectinesterase inhibitor 3
ArabidopsisAT5G20740 (AT5G20740)
Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832197]
identity=48.7; qcov=1.05; evalue=1.97e-57; confidence=high
RiceOs06g0711800
-
identity=42.7; qcov=0.921; evalue=1.64e-35; confidence=medium
GOGO:0004857 (enzyme inhibitor activity); GO:0043086 (negative regulation of catalytic activity)
KEGG-
PfamPF04043 (PMEI)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987970

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057767691.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767691.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767691.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767691.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767691.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:47615560 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B14,B40,B57,C54
Chr1:47615669 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B14,B57,C54
Chr1:47615871 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B14,B57,C54
Chr1:47615960 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:47616001 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 1 A1
Chr1:47616001 AAT A 2bp_deletion CDS_variant 1 A1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767691.1
178 aa
N
1
89
178
PMEI
C
PF04043 PMEI 24-172 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767691.1 Pfam PF04043 PMEI Domain 24 172 2.6e-43 148.6 Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911708.1
GCCCATACCCTCTCTTATCACTTATCCCTCTCTCTCTCTCTCTACCAACTCAGTGCCCTAAATTAATAATTAGGCCAGCCACCGCCACAACCACCATTACAGCCGCCGTAGAAGATGACGACGCCTCTCATTCTCTCTCTCCTACTCCTCCTCTCAACGGCCGCGGCCGCCGCGCCGAAGCACGACCTGGTGCGGCGGTCGTGCGTCCACGCGAGCTACCCGGACGTGTGCCTGCGGACGCTGTCGTCGTACGGCGGCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987970
ATGACGACGCCTCTCATTCTCTCTCTCCTACTCCTCCTCTCAACGGCCGCGGCCGCCGCGCCGAAGCACGACCTGGTGCGGCGGTCGTGCGTCCACGCGAGCTACCCGGACGTGTGCCTGCGGACGCTGTCGTCGTACGGCGGCGCGGCCAGCACGCCGCGGGATCTGGCGCAGGCGGCGGTGCGGGTGAGCCTTGCGCGCGTGCGGAAGGCGTCGGAGTTTCTGACGAAGCTGAAGGGGACCGGGCGGCGGGAGCAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767691.1
MTTPLILSLLLLLSTAAAAAPKHDLVRRSCVHASYPDVCLRTLSSYGGAASTPRDLAQAAVRVSLARVRKASEFLTKLKGTGRREQGALNDCVEQMADTVDELSKTMSALQHLRRGADFRWQMSNAETWVSAALTNEDTCLDGFKEIDGKVRSDVRKKLTNVARVTSNALYLINLLDD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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