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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000430

染色体: Chr06 坐标: 3543820-3547451 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000430
名称SmilChr06G000430
描述uncharacterized SmilChr06G000430
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向3543820 - 3547451 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987982
GeneID130987982
locus_tag-
NCBI NameLOC130987982
原始查询LOC130987982

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor IIIB [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827409]; symbol=AT4G17010; hit=AT4G17010; species=arabidopsis; confidence=high
产物transcription factor IIIB [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827409]; symbol=AT4G17010; hit=AT4G17010; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G17010 (AT4G17010)
transcription factor IIIB [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827409]
identity=57.3; qcov=0.882; evalue=2.39e-55; confidence=high
RiceOs04g0431800 (OSJNBa0084A10.10)
-
identity=55.2; qcov=0.853; evalue=3.45e-45; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987982

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057767698.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057767698.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057767698.1
4 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057767698.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057767698.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:3546915 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B37,C61
Chr6:3547076 AAG A 2bp_deletion frameshift_variant 7 A24,B110,B115,B131,C14,C45,C47
Chr6:3547114 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,B40,D4
Chr6:3547144 CCA C 2bp_deletion frameshift_variant 44 A1,A13,A4,A5,A7,A9,B118,B120,B121,B122,B123,B134,B19,B24,B28,B30,B31,B34,B5,B54,B6,B65,B68,B74,B78,B85,B88,B94,C18,C24,C29,C30,C37,C45,C50,C59,C64,C66,C67,C80,C83,C86,D1,D7
Chr6:3547186 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911715.1
GCCTATCATTGAAAAGAGAAAATTTATTTGCTAGTTCCATAGGAGCATCCGCAATGCCCGTTACCAATTCACTAATCACTATTGCATTTTTCAAGTTCTTAAAAAAAATGAAAAAGCATTTAGGTTTTTCATCAACATGAATGAGCTGAAAGACTTCTTAATTCGAAATTGTCTTCTCCATTAAAATAACAAAATTCAGCAATCCGGTCTCTGACAAACCCAAAATCCCATCTCATTTTCAAACTATTTTTTGAAGCTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987982
ATGGATAAAGTAAGGGAATTCTTCAAGAAAACTATGTTCTACGCTAGGGTTCTTTCGGGTTACGAAGAACGCAGAATCCGATCTTACAGATTGAAGCTTCAGCAGCGTCTCCAGCAGGCACAATTAAAGAAAGCAGCACTTAATAAGGTTCCTGAACAAATTATTTTGTCAGAGGTGCGGAAGATGGTTCAGGAAATGCAATCTTTGAATAAGAAGTTGGAGGACACAGAGGCGGCCATAGAGGATTACTTCAAGCCGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767698.1
MDKVREFFKKTMFYARVLSGYEERRIRSYRLKLQQRLQQAQLKKAALNKVPEQIILSEVRKMVQEMQSLNKKLEDTEAAIEDYFKPIDKEAEMIMKAQLEGEEKTMKMMVATMQRQALLEKAEAEADAKAQAQAQALANSKDAKADQEVEEPEPEPEREQERVDKSAGMR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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