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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000434

染色体: Chr06 坐标: 3561266-3569075 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000434
名称SmilChr06G000434
描述glycine--tRNA ligase, mitochondrial 1-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向3561266 - 3569075 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987986
GeneID130987986
locus_tag-
NCBI NameLOC130987986
原始查询LOC130987986

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycine--tRNA ligase, mitochondrial 1-like
产物glycine--tRNA ligase%2C mitochondrial 1-like
ArabidopsisAT1G29880 (AT1G29880)
glycyl-tRNA synthetase / glycine-tRNA ligase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839866]
identity=77.2; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0538000
-
identity=78.1; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004820 (glycine-tRNA ligase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0070150 (mitochondrial glycyl-tRNA aminoacylation)
KEGGsmil00970 (Aminoacyl-tRNA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00587 (tRNA-synt_2b); PF03129 (HGTP_anticodon)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987986

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057767703.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057767704.1
3 Mitochondrion matrix 线粒体基质 1.00000 XP_057767703.1
4 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057767704.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767703.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:3561419 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,B93
Chr6:3561518 C CCT 2bp_insertion frameshift_variant 67 A10,A16,A18,A2,A3,B100,B102,B108,B109,B110,B112,B113,B115,B117,B129,B132,B133,B136,B14,B140,B23,B3,B38,B39,B40,B45,B46,B47,B49,B56,B6,B60,B65,B66,B73,B79,B86,B93,B94,B96,C12,C16,C24,C34,C35,C36,C4,C43,C45,C48,C49,C50,C51,C52,C55,C6,C60,C61,C62,C67,C73,C78,C80,D1,D2,D4,D8
Chr6:3561522 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 72 A10,A13,A16,A18,A2,A24,A3,B100,B101,B108,B109,B110,B112,B113,B115,B117,B129,B131,B132,B133,B136,B14,B140,B19,B23,B25,B3,B40,B45,B46,B49,B6,B60,B65,B66,B70,B71,B73,B79,B89,B93,B94,B99,C10,C12,C15,C16,C24,C34,C35,C36,C4,C43,C45,C47,C48,C49,C50,C51,C52,C55,C6,C60,C61,C62,C67,C72,C73,C78,C80,D1,D9
Chr6:3561534 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 11 A14,B10,B130,B22,B26,C20,C31,C4,C40,C6,D3
Chr6:3562104 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B35,B53,C29
Chr6:3562131 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B132,C18,C39,C71,C8
Chr6:3562142 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr6:3562799 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr6:3563018 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,A16,B19
Chr6:3563049 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B86
Chr6:3563292 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B86
Chr6:3563349 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767703.1
655 aa
N
1
328
655
tRNA-synt_2b
HGTP_anticodon
C
PF00587 tRNA-synt_2b 223-521 aa PF03129 HGTP_anticodon 548-635 aa
XP_057767704.1
554 aa
N
1
277
554
tRNA-synt_2b
HGTP_anticodon
C
PF00587 tRNA-synt_2b 122-420 aa PF03129 HGTP_anticodon 447-534 aa
XP_057767705.1
554 aa
N
1
277
554
tRNA-synt_2b
HGTP_anticodon
C
PF00587 tRNA-synt_2b 122-420 aa PF03129 HGTP_anticodon 447-534 aa
XP_057767706.1
554 aa
N
1
277
554
tRNA-synt_2b
HGTP_anticodon
C
PF00587 tRNA-synt_2b 122-420 aa PF03129 HGTP_anticodon 447-534 aa
XP_057767707.1
527 aa
N
1
264
527
tRNA-synt_2b
HGTP_anticodon
C
PF00587 tRNA-synt_2b 95-393 aa PF03129 HGTP_anticodon 420-507 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767703.1 Pfam PF00587 tRNA-synt_2b Domain 223 521 1.4e-11 45.5 tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T)
XP_057767703.1 Pfam PF03129 HGTP_anticodon Domain 548 635 6.4e-20 71.8 Anticodon binding domain
XP_057767704.1 Pfam PF00587 tRNA-synt_2b Domain 122 420 7.8e-12 46.3 tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T)
XP_057767704.1 Pfam PF03129 HGTP_anticodon Domain 447 534 4.7e-20 72.3 Anticodon binding domain
XP_057767705.1 Pfam PF00587 tRNA-synt_2b Domain 122 420 7.8e-12 46.3 tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T)
XP_057767705.1 Pfam PF03129 HGTP_anticodon Domain 447 534 4.7e-20 72.3 Anticodon binding domain
XP_057767706.1 Pfam PF00587 tRNA-synt_2b Domain 122 420 7.8e-12 46.3 tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T)
XP_057767706.1 Pfam PF03129 HGTP_anticodon Domain 447 534 4.7e-20 72.3 Anticodon binding domain
XP_057767707.1 Pfam PF00587 tRNA-synt_2b Domain 95 393 6.8e-12 46.5 tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T)
XP_057767707.1 Pfam PF03129 HGTP_anticodon Domain 420 507 4.1e-20 72.4 Anticodon binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911720.1
GATTCAGTTTCAAAGGAACAAATCAAATTCCTCCAAAACAATAAAAATAAAATTTGAAACAAATAAAAGTTTCATCAGAAAGAAGTCAGCTTCGAATAGTAGTAGTATGTTAGTGCAAAGTGTTGTGCAGTAAAATCCGTCGTTGATGGAAGTCTTGAAGAAGAGAGTATTTTCTCTGTGGCCGCCATTTCATCGGAGTGGCGCTGCTTTTTTCACAACTAAAGCATATTCAACTGTGCCTTCAACGCAAACCCTCTCTG...
XM_057911721.1
AAAATCCGTCGTTGATGGAAGTCTTGAAGAAGAGAGTATTTTCTCTGTGGCCGCCATTTCATCGGAGTGGCGCTGCTTTTTTCACAACTAAAGCATATTCAACTGTGCCTTCAACGCAAACCCTCTCTGTTCAACAACAGAATCCCAGAACCGGGAGGCGTTCCGGCAAGCTGTTGTTAACACACTAGAGCGCCGGCTGTTTTACATCCCTTCCTTCAAAATCTATGGTGGTGTTGCTGGACTTTATGATTATGGTCCAC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130987986
ATGGAAGTCTTGAAGAAGAGAGTATTTTCTCTGTGGCCGCCATTTCATCGGAGTGGCGCTGCTTTTTTCACAACTAAAGCATATTCAACTGTGCCTTCAACGCAAACCCTCTCTGTTCAACAACAGAACCGGGAGGCGTTCCGGCAAGCTGTTGTTAACACACTAGAGCGCCGGCTGTTTTACATCCCTTCCTTCAAAATCTATGGTGGTGTTGCTGGACTTTATGATTATGGTCCACCTGGTTGCGCTGTCAAGGCCAA...
LOC130987986
ATGTTGGAAGTTGACTGCCCGTGTGTTACGCCAGGCATTGTACTGGAGGCATCAGGTCATGTCGATAAGTTCACTGACCTTATGGTCAAAGATGAAAAGACGGGAGCTTGTTACCGAGCAGATCATTTGCTCAAGGATTTCTGCAAAGACAAACTTGAGAAAGACCACAAACTTAGTGCAGAGAGGGCAGCAGAATTGAGACACATTCTTGCCGTTTTAGATGATTTCTCCGCGGAGGAGCTTTGTGCGAAGATTAAGGA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057767703.1
MEVLKKRVFSLWPPFHRSGAAFFTTKAYSTVPSTQTLSVQQQNREAFRQAVVNTLERRLFYIPSFKIYGGVAGLYDYGPPGCAVKANVLALWRQHFVLEENMLEVDCPCVTPGIVLEASGHVDKFTDLMVKDEKTGACYRADHLLKDFCKDKLEKDHKLSAERAAELRHILAVLDDFSAEELCAKIKEYGITAPDTKNALSNPYPFNLMFQTSIGPSGSSPGYMRPETAQGIFVNFKDLYYYNGNKLPFAAAQIGQAFRN...
XP_057767704.1
MLEVDCPCVTPGIVLEASGHVDKFTDLMVKDEKTGACYRADHLLKDFCKDKLEKDHKLSAERAAELRHILAVLDDFSAEELCAKIKEYGITAPDTKNALSNPYPFNLMFQTSIGPSGSSPGYMRPETAQGIFVNFKDLYYYNGNKLPFAAAQIGQAFRNEISPRQGLLRVREFTLAEIEHFVDPEDKSFPKFSDVSDLELYMFPREDQMSGQPTRRITIGEAVSQGIIDNETLGYYIGRVYLFLTQLGIAKDRLRFRQHL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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