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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002897

染色体: Chr01 坐标: 47662831-47664594 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002897
名称SmilChr01G002897
描述uncharacterized SmilChr01G002897
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向47662831 - 47664594 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988006
GeneID130988006
locus_tag-
NCBI NameLOC130988006
原始查询LOC130988006

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838507]; symbol=AT1G19240; hit=AT1G19240; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838507]; symbol=AT1G19240; hit=AT1G19240; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G19240 (AT1G19240)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838507]
identity=46.4; qcov=1.04; evalue=8.56e-23; confidence=medium
RiceOs01g0144700
-
identity=54; qcov=0.463; evalue=3.7e-07; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988006

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057767728.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.60000 XP_057767728.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.40000 XP_057767728.1
4 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.20000 XP_057767728.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767728.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:47663008 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,B57
Chr1:47663138 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr1:47664302 G GTC 2bp_insertion frameshift_variant 2 C42,D3
Chr1:47664302 G GTC 2bp_insertion CDS_variant 2 C42,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911745.1
ACATTTAATTTTCTTTTCTTATGGAGGAAGAATATAATATTTGAGGAAAAATTATGAAAAGAGGGGTGGGCCCTCGGCCCTGAGGCGAAGCGAAGTAGTATGATAAAAACCCCTAAACCCTCATTCACAAAATCCCCAATTTAGAGACTCGAAATTTGAAGCGAATATGGAGGGACTGCAGAAGGCATACAGCAGTGTGGTCTCGCAGGCGCAAGAATCAGCTGCGAAATTCAGCTCCTACGCCTCTTCTTTGGAGAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988006
ATGGAGGGACTGCAGAAGGCATACAGCAGTGTGGTCTCGCAGGCGCAAGAATCAGCTGCGAAATTCAGCTCCTACGCCTCTTCTTTGGAGAAAGCTAAACCTCTAAACTCTTCTCTTTCTTCTTCTGGAACTGGATCGTCCGTGGCGTTATCTGTTGACCACTCTGGCATGTCGGTCACCCGCTCCTCAAGACAATTTCTATCGTTATGGACTTGCTCAAAGCTTTGTGCTGGTTGCTTTGTTGCTGGAGTTGTTATTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767728.1
MEGLQKAYSSVVSQAQESAAKFSSYASSLEKAKPLNSSLSSSGTGSSVALSVDHSGMSVTRSSRQFLSLWTCSKLCAGCFVAGVVIGYTLKRRVKRWASRILRRLKDD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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