当前解析结果
SmilChr01G002901| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002901 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002901 |
| 描述 | auxin-responsive protein SAUR76 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 47696201 - 47697054 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130988014 |
|---|---|
| GeneID | 130988014 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988014 |
| 原始查询 | LOC130988014 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | auxin-responsive protein SAUR76 |
| 产物 | auxin-responsive protein SAUR76 |
| Arabidopsis | AT5G20820 (AT5G20820)SAUR-like auxin-responsive protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832205] identity=53.4; qcov=1.06; evalue=7.9e-36; confidence=medium |
| Rice | Os08g0452500 (OsSAUR33)- identity=47.4; qcov=1.07; evalue=2.54e-33; confidence=medium |
| GO | GO:0009733 (response to auxin) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02519 (Auxin_inducible) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988014 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057767743.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057767743.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057767743.1 |
| 4 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057767743.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767743.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:47696807 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B26 |
Chr1:47696864 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B21 |
Chr1:47696864 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B21 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767743.1PF02519
Auxin_inducible 9-109 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767743.1 |
Pfam | PF02519 |
Auxin_inducible | Domain | 9 | 109 | 4.6e-20 | 72.3 | Auxin responsive protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。