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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000466

染色体: Chr06 坐标: 3804753-3806137 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000466
名称SmilChr06G000466
描述fasciclin-like arabinogalactan protein 14
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向3804753 - 3806137 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988017
GeneID130988017
locus_tag-
NCBI NameLOC130988017
原始查询LOC130988017

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述fasciclin-like arabinogalactan protein 14
产物fasciclin-like arabinogalactan protein 14
ArabidopsisAT3G12660 (FLA14)
FASCICLIN-like arabinogalactan protein 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820446]
identity=50.3; qcov=0.371; evalue=3.15e-48; confidence=low
RiceOs02g0461500 (OsFLA20)
-
identity=47.1; qcov=0.376; evalue=8.11e-43; confidence=low
GOGO:0005886 (plasma membrane)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988017

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057767742.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057767742.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767742.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767742.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767742.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:3804962 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr6:3804979 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B16,B91
Chr6:3805002 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B49,B79,C78
Chr6:3805136 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B84,C19
Chr6:3805157 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B67,C82
Chr6:3805175 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B140,B16,B91
Chr6:3805368 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr6:3805401 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B94
Chr6:3805427 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B86,C51
Chr6:3805433 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B66,B94
Chr6:3805442 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B91
Chr6:3805545 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,C40,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911759.1
ATGACTCTCCCCCTCTCTCTCCTCTTCTCTCTCCTCCTCTCTCTCCACACCGCCAACGCCTTCGACATCACTCAACTCCTCAACCAGTATCCAGACTTCGCCACCTTCAACAGCTACCTCACCCAGACCAACTTGGCCGCCGACATCAACGCCCGCAACACCATCACCGTCCTCGTCCTCGACAACGGGAGCCTCTCCCCCCTCGCCGGGAAGCCGGTCGACCACATCAGGAGCATCCTCGCCGTTCATGTGCTCCTAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988017
ATGACTCTCCCCCTCTCTCTCCTCTTCTCTCTCCTCCTCTCTCTCCACACCGCCAACGCCTTCGACATCACTCAACTCCTCAACCAGTATCCAGACTTCGCCACCTTCAACAGCTACCTCACCCAGACCAACTTGGCCGCCGACATCAACGCCCGCAACACCATCACCGTCCTCGTCCTCGACAACGGGAGCCTCTCCCCCCTCGCCGGGAAGCCGGTCGACCACATCAGGAGCATCCTCGCCGTTCATGTGCTCCTAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767742.1
MTLPLSLLFSLLLSLHTANAFDITQLLNQYPDFATFNSYLTQTNLAADINARNTITVLVLDNGSLSPLAGKPVDHIRSILAVHVLLDYYDAPRLQTQAASRNLITTLFQTTGLARGQQGFLSVASPAPGTFAFGSAMPGSPLNSNLVKSVFLQPYNISILQLSGAIIPQGIDGTKTSSPPSTSPPATPIATAIPPATTSLSPPTTPPQSTTPVATATPPATTSLSPPTTPPQSTTPPPTTSANLPTAPPQAQGSSPPVPS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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