当前解析结果
SmilChr06G000465| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000465 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000465 |
| 描述 | ABC transporter I family member 17 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 3802864 - 3804811 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130988018 |
|---|---|
| GeneID | 130988018 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988018 |
| 原始查询 | LOC130988018 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ABC transporter I family member 17 |
| 产物 | ABC transporter I family member 17 |
| Arabidopsis | AT1G67940 (ABCI17)non-intrinsic ABC protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843122] identity=72; qcov=0.988; evalue=1.33e-131; confidence=high |
| Rice | Os06g0695800 (STAR1)- identity=71.2; qcov=0.908; evalue=1.68e-120; confidence=high |
| GO | GO:0005315 (phosphate transmembrane transporter activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0016020 (membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0035435 (phosphate ion transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00005 (ABC_tran) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988018 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057767744.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057767744.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057767744.1 |
| 4 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.20000 | XP_057767744.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767744.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:3803487 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B74,C29 |
Chr6:3803529 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A14,B130,B16,B56,B96 |
Chr6:3803553 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C26,C47 |
Chr6:3803607 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B137,B80 |
Chr6:3804105 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A21 |
Chr6:3804382 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C41 |
Chr6:3804450 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B46 |
Chr6:3804450 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr6:3804452 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B46 |
Chr6:3804452 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr6:3804511 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B53,B65,B98 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767744.1PF00005
ABC_tran 42-185 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767744.1 |
Pfam | PF00005 |
ABC_tran | Domain | 42 | 185 | 6.3e-31 | 108.5 | ABC transporter |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。