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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000465

染色体: Chr06 坐标: 3802864-3804811 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000465
名称SmilChr06G000465
描述ABC transporter I family member 17
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向3802864 - 3804811 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988018
GeneID130988018
locus_tag-
NCBI NameLOC130988018
原始查询LOC130988018

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ABC transporter I family member 17
产物ABC transporter I family member 17
ArabidopsisAT1G67940 (ABCI17)
non-intrinsic ABC protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843122]
identity=72; qcov=0.988; evalue=1.33e-131; confidence=high
RiceOs06g0695800 (STAR1)
-
identity=71.2; qcov=0.908; evalue=1.68e-120; confidence=high
GOGO:0005315 (phosphate transmembrane transporter activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0016020 (membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0035435 (phosphate ion transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00005 (ABC_tran)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988018

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057767744.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057767744.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057767744.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057767744.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767744.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:3803487 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,C29
Chr6:3803529 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B130,B16,B56,B96
Chr6:3803553 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C26,C47
Chr6:3803607 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,B80
Chr6:3804105 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr6:3804382 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr6:3804450 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B46
Chr6:3804450 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B46
Chr6:3804452 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B46
Chr6:3804452 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 B46
Chr6:3804511 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,B65,B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767744.1
260 aa
N
1
130
260
ABC_tran
C
PF00005 ABC_tran 42-185 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767744.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 42 185 6.3e-31 108.5 ABC transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911761.1
TCGTTACACTAAAAACTGCTGTCCAGTTCTTGCCCACTTGATTTTTGGTTCATCTCAGGAAGGTTTCTACTAAACCCTTACTTTTCGGCTCAACAATTCTTTATAGACACTGAAAAAAATCCATTCTTTCTCATACAAACGCTCTGCTCTGCAAATGGAAGCTTTTGAAGTGGATGGAGGAGAAGAGCGTCTGTTAGGCTTGGTAGATGGGCAATCGGGTGATATGAAAATAGAGGTGAGGAATCTGAGCAAGGTTTCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988018
ATGGAAGCTTTTGAAGTGGATGGAGGAGAAGAGCGTCTGTTAGGCTTGGTAGATGGGCAATCGGGTGATATGAAAATAGAGGTGAGGAATCTGAGCAAGGTTTCTGACAAGGATGTAAGAATACTGAACAAACTCAACCTAGACATCCCCAAAGGAGTGATCATGGGGGTGATGGGGCCGAGTGGCAGCGGGAAATCCACATTTCTCCGCGCCCTCAACCGCTTATGGGAGCCCGCCTCTGCCACCGTGTTTTTGGATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767744.1
MEAFEVDGGEERLLGLVDGQSGDMKIEVRNLSKVSDKDVRILNKLNLDIPKGVIMGVMGPSGSGKSTFLRALNRLWEPASATVFLDGVDICQLDVLTLRRKVGMLFQLPVLFQGTVADNVRYGPQLKGNKLDDNEVYKLLALADLDSSFYSKSGGELSVGQAQRVALARTLANEPEVLLLDEPTSALDPISTENIENALVRLKQEQEMTIIIVSHSIKQIQRIADVVCLVVDGEIVEILKPDHLSEAKHPMAQRFLQLSS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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