Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000467`

染色体: Chr06 坐标: 3808729-3810045 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000467`
名称	SmilChr06G000467
描述	fasciclin-like arabinogalactan protein 14
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	3808729 - 3810045 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988019`
GeneID	`130988019`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988019`
原始查询	`LOC130988019`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	fasciclin-like arabinogalactan protein 14
产物	fasciclin-like arabinogalactan protein 14
Arabidopsis	`AT3G12660` (FLA14) FASCICLIN-like arabinogalactan protein 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820446] identity=53.9; qcov=0.577; evalue=6.06e-50; confidence=medium
Rice	`Os02g0461500` (OsFLA20) - identity=44.7; qcov=0.679; evalue=1.26e-42; confidence=medium
GO	GO:0005886 (plasma membrane)
KEGG	-
Pfam	PF02469 (Fasciclin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988019

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell wall	细胞壁	0.60000	`XP_057767745.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.40000	`XP_057767745.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057767745.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057767745.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767745.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:3809040`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,C25
`Chr6:3809041`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B98
`Chr6:3809053`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B1,B72
`Chr6:3809060`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B74,D10
`Chr6:3809072`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr6:3809120`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B30,B78,C19
`Chr6:3809128`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr6:3809162`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,B125,B17
`Chr6:3809163`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A6,B52,B60
`Chr6:3809164`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B41,C14,C64
`Chr6:3809183`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,C65
`Chr6:3809217`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767745.1

293 aa

146

293

Fasciclin

PF02469 Fasciclin 33-103 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767745.1`	Pfam	`PF02469`	Fasciclin	Domain	33	103	7.4e-05	23.7	Fasciclin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911762.1
TCAATTCACACACCTCACTCACTCACTACACATATAAATACACTCATCACCTCTTCTCCATTCAACATCAACTCATCATCCTCTCTCTCACTATCTATCTATCTATCTCTCACTACCAAAACAAACAACATGAAAATGAGTGTCACCCTCTCTCTCCTCCTCTCTCTCTTCCTCTTGATCCATAGTAGCAATGGCTACGACATCACCCAAATCCTCAACAAATACCCTGACTTCAGCACCTTCAACAGCTACCTCACCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988019
ATGAAAATGAGTGTCACCCTCTCTCTCCTCCTCTCTCTCTTCCTCTTGATCCATAGTAGCAATGGCTACGACATCACCCAAATCCTCAACAAATACCCTGACTTCAGCACCTTCAACAGCTACCTCACCCAAACCAACCTAGCAAGCGCCATCAACAGCCGGAACACGATCACCGTCCTCGTCGTCGACAACGCCAACCTCGCCCCCCTCTCGAGCAAATCGCTCGACGTCATCAAGAACATCCTCAGCGTGCACGTCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767745.1
MKMSVTLSLLLSLFLLIHSSNGYDITQILNKYPDFSTFNSYLTQTNLASAINSRNTITVLVVDNANLAPLSSKSLDVIKNILSVHVLLDYYDVAKLQQLTAASPLPTTFFQTTGLAVGQQGFLNVTHPSADTVAFGSAMPGSTQGSSLVKSVAAEPYNISILQISNAIIPQGIDGAKTSAPAATTPPPPPPAPATNTSTPPAPGTRHNHGHAPAPAPSTRHNHGHSPAPSTRHGHGPGPKAVEPGPTTVHHGPTNTKQGH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器