Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000475

染色体: Chr06 坐标: 3872252-3875941 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000475
名称SmilChr06G000475
描述probable folate-biopterin transporter 3
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向3872252 - 3875941 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988028
GeneID130988028
locus_tag-
NCBI NameLOC130988028
原始查询LOC130988028

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable folate-biopterin transporter 3
产物probable folate-biopterin transporter 3
ArabidopsisAT1G79710 (AT1G79710)
Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844310]
identity=61.6; qcov=0.958; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0186700
-
identity=58.8; qcov=0.926; evalue=6.94e-179; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF03092 (BT1); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988028

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057767759.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057767757.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057767757.1
4 Secretory vesicle Secretory vesicle 0.20000 XP_057767759.1
5 Lysosome membrane 溶酶体膜 0.20000 XP_057767757.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:3872516 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 127 A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A21,A25,A7,B100,B102,B107,B108,B11,B111,B112,B113,B114,B115,B118,B119,B122,B123,B124,B125,B130,B132,B134,B136,B137,B138,B14,B15,B16,B19,B20,B21,B24,B3,B36,B37,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B47,B49,B50,B51,B52,B53,B55,B6,B64,B67,B69,B70,B71,B72,B74,B78,B81,B83,B85,B87,B89,B90,B92,B93,B95,B97,B98,B99,C11,C12,C14,C15,C16,C19,C20,C23,C24,C25,C26,C28,C29,C31,C32,C34,C40,C41,C42,C43,C45,C46,C47,C54,C56,C58,C59,C6,C62,C67,C68,C7,C71,C72,C75,C8,C80,C81,C82,C85,C87,D1,D11,D3,D4,D6,D7,D8
Chr6:3872523 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr6:3872559 G GAA 2bp_insertion frameshift_variant 124 A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A21,A25,A7,B100,B102,B107,B108,B11,B111,B112,B113,B114,B115,B118,B119,B122,B123,B124,B125,B130,B132,B134,B136,B138,B14,B15,B16,B19,B21,B24,B3,B36,B37,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B45,B46,B47,B49,B50,B51,B52,B53,B55,B6,B64,B67,B69,B70,B71,B72,B74,B78,B81,B83,B85,B87,B89,B90,B92,B93,B95,B97,B98,B99,C11,C12,C14,C15,C16,C19,C23,C24,C25,C26,C28,C29,C31,C32,C34,C40,C41,C42,C43,C45,C46,C47,C54,C56,C58,C59,C6,C62,C67,C68,C7,C71,C72,C75,C8,C80,C81,C82,C85,C87,D1,D11,D3,D4,D6,D7,D8
Chr6:3872561 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 124 A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A21,A25,A7,B100,B102,B107,B108,B11,B111,B112,B113,B114,B115,B118,B119,B122,B123,B124,B125,B130,B132,B134,B136,B138,B14,B15,B16,B19,B21,B24,B3,B36,B37,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B45,B46,B47,B49,B50,B51,B52,B53,B55,B6,B64,B67,B69,B70,B71,B72,B74,B78,B81,B83,B85,B87,B89,B90,B92,B93,B95,B97,B98,B99,C11,C12,C14,C15,C16,C19,C23,C24,C25,C26,C28,C29,C31,C32,C34,C40,C41,C42,C43,C45,C46,C47,C54,C56,C58,C59,C6,C62,C67,C68,C7,C71,C72,C75,C8,C80,C81,C82,C85,C87,D1,D11,D3,D4,D6,D7,D8
Chr6:3872579 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr6:3872589 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 2 C43,D1
Chr6:3872589 AG A 1bp_deletion CDS_variant 2 C43,D1
Chr6:3872603 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr6:3872625 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B130,B64,C29
Chr6:3872716 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 2 C15,C71
Chr6:3872716 T TG 1bp_insertion CDS_variant 2 C15,C71
Chr6:3872727 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,C82,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767757.1
513 aa
N
1
256
513
BT1
MFS_1
C
PF03092 BT1 55-458 aa PF07690 MFS_1 70-410 aa
XP_057767758.1
510 aa
N
1
255
510
BT1
MFS_1
C
PF03092 BT1 55-458 aa PF07690 MFS_1 70-410 aa
XP_057767759.1
498 aa
N
1
249
498
BT1
MFS_1
C
PF03092 BT1 55-458 aa PF07690 MFS_1 70-410 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767757.1 Pfam PF03092 BT1 Family 55 458 8.5e-119 397.8 BT1 family
XP_057767757.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 70 410 4.3e-11 43.1 Major Facilitator Superfamily
XP_057767758.1 Pfam PF03092 BT1 Family 55 458 8.3e-119 397.8 BT1 family
XP_057767758.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 70 410 4.2e-11 43.1 Major Facilitator Superfamily
XP_057767759.1 Pfam PF03092 BT1 Family 55 458 7.7e-119 398.0 BT1 family
XP_057767759.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 70 410 3e-11 43.6 Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911774.1
ATCTTCAGTTCCATTTCCCACTTGTCCACTCCACCTAACTCAACAATTGCATAAACTGATAAACCCCATTTCAACAACCCAAAATCTTGAACCAAAATTCCCTAATAAGTCAATTTTGCTAGAATGCGCAACTGTTCCAACTCAAGAACAAGAACAGGAACCTGAGTTCAAGAATGGATCAAGAAGAGGGATTCCCGCCCCAAGCCCAGATAGAAAGAGGCGCAAAAAATGGAATCTTTGGCCTAATTCTGAGCCCTTTC...
XM_057911775.1
ATCTTCAGTTCCATTTCCCACTTGTCCACTCCACCTAACTCAACAATTGCATAAACTGATAAACCCCATTTCAACAACCCAAAATCTTGAACCAAAATTCCCTAATAAGTCAATTTTGCTAGAATGCGCAACTGTTCCAACTCAAGAACAAGAACAGGAACCTGAGTTCAAGAATGGATCAAGAAGAGGGATTCCCGCCCCAAGCCCAGATAGAAAGAGGCGCAAAAAATGGAATCTTTGGCCTAATTCTGAGCCCTTTC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130988028
ATGGATCAAGAAGAGGGATTCCCGCCCCAAGCCCAGATAGAAAGAGGCGCAAAAAATGGAATCTTTGGCCTAATTCTGAGCCCTTTCAGCTGGTTGAAGAGGCTGAGCGATGAGCTGCACTGGAGCTTCGTTTTGGGCGTTGTTATCGTGTACGGAATCAATCAAGGGGTTGGGTTAGGGTTGAGCAAAGTGGGCACGCAGTACTACATGAAAGATGAGCAGAAATTGCAGCCCTCCGAAGCTCAGGTCTACCACGCCAT...
LOC130988028
ATGGATCAAGAAGAGGGATTCCCGCCCCAAGCCCAGATAGAAAGAGGCGCAAAAAATGGAATCTTTGGCCTAATTCTGAGCCCTTTCAGCTGGTTGAAGAGGCTGAGCGATGAGCTGCACTGGAGCTTCGTTTTGGGCGTTGTTATCGTGTACGGAATCAATCAAGGGGTTGGGTTAGGGTTGAGCAAAGTGGGCACGCAGTACTACATGAAAGATGAGCAGAAATTGCAGCCCTCCGAAGCTCAGGTCTACCACGCCAT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057767757.1
MDQEEGFPPQAQIERGAKNGIFGLILSPFSWLKRLSDELHWSFVLGVVIVYGINQGVGLGLSKVGTQYYMKDEQKLQPSEAQVYHAMIMMPWIVKPLWGLLTDIVPIWGRRRRPYFVFAGTVGVISMIILSLKKDMYLGLALLLLICGSAGAAVGDVTIDACVTENSIAHPSLAGEMQSLCGLCSSVGQLIGFISSGFLVHRIGSKGALGVLSIPAALVIVVGIIIQEPVIRNVSYKRVSQKFLDAGRAMWMALRSPVVW...
XP_057767758.1
MDQEEGFPPQAQIERGAKNGIFGLILSPFSWLKRLSDELHWSFVLGVVIVYGINQGVGLGLSKVGTQYYMKDEQKLQPSEAQVYHAMIMMPWIVKPLWGLLTDIVPIWGRRRRPYFVFAGTVGVISMIILSLKKDMYLGLALLLLICGSAGAAVGDVTIDACVTENSIAHPSLAGEMQSLCGLCSSVGQLIGFISSGFLVHRIGSKGALGVLSIPAALVIVVGIIIQEPVIRNVSYKRVSQKFLDAGRAMWMALRSPVVW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器