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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000492

染色体: Chr06 坐标: 4025325-4029007 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000492
名称SmilChr06G000492
描述proteasome subunit beta type-4
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向4025325 - 4029007 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988045
GeneID130988045
locus_tag-
NCBI NameLOC130988045
原始查询LOC130988045

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述proteasome subunit beta type-4
产物proteasome subunit beta type-4
ArabidopsisAT1G56450 (PBG1)
20S proteasome beta subunit G1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842098]
identity=82; qcov=1; evalue=2.56e-144; confidence=high
RiceOs09g0515200 (OsPBG1)
-
identity=72; qcov=1.01; evalue=5.73e-126; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0005839 (proteasome core complex); GO:0019774 (proteasome core complex, beta-subunit complex); GO:0051603 (GO:0051603)
KEGGsmil03050 (Proteasome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00227 (Proteasome)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988045

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767772.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057767772.1
3 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057767773.1
4 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057767772.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767772.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:4025518 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18
Chr6:4025551 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 136 A11,A15,A18,A19,A23,A25,A3,A4,A9,B101,B104,B105,B11,B112,B114,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B128,B129,B13,B132,B134,B135,B136,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B21,B22,B24,B25,B27,B28,B3,B31,B33,B34,B36,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B47,B48,B5,B50,B51,B52,B53,B56,B58,B63,B65,B67,B7,B74,B76,B78,B8,B80,B81,B83,B84,B86,B87,B88,B9,B90,B92,B96,B97,C10,C11,C13,C15,C16,C18,C19,C20,C21,C22,C24,C25,C26,C30,C31,C32,C35,C38,C39,C42,C49,C51,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C61,C63,C64,C65,C66,C68,C69,C7,C73,C74,C76,C77,C80,C84,C86,C9,D11,D2,D6,D7,D8
Chr6:4025556 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr6:4026373 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr6:4026387 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr6:4026455 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B16,B46,B84,C40,C50,D8
Chr6:4026480 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr6:4026650 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B107,B140
Chr6:4026650 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr6:4026668 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr6:4026751 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr6:4026980 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B67,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767772.1
269 aa
N
1
134
269
Proteasome
C
PF00227 Proteasome 53-236 aa
XP_057767773.1
246 aa
N
1
123
246
Proteasome
C
PF00227 Proteasome 30-213 aa
XP_057767774.1
222 aa
N
1
111
222
Proteasome
C
PF00227 Proteasome 6-189 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767772.1 Pfam PF00227 Proteasome Domain 53 236 7.4e-33 114.5 Proteasome subunit
XP_057767773.1 Pfam PF00227 Proteasome Domain 30 213 5.6e-33 114.9 Proteasome subunit
XP_057767774.1 Pfam PF00227 Proteasome Domain 6 189 4e-33 115.4 Proteasome subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911789.1
ATTATCAGCGCTGCGCCCCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAATTCGCCACCCCTGTCATCTGCTATCCCTAGGCGCCGCTACTGCATCGCCTGCCACGCTGCGCCGCCCCTCTCGTCCGCTAACCCTAGCCACCGCGACCAGCTTCGCCTGCTCATCGCCGTCCCTCTCGTCTGCTAACCCTAGCCACCGCGACCAGCGCTACTTGCTCGTTGCCGCCCCTCCACCCCCGCCCAGCACATCCGCACCCTCAT...
XM_057911790.1
TACTGTGCATTTTATTGGGACCAAAATGATAGCCCAAAAACATAAAATTTATTTAAACTAAAATTAAATCATCAGTGGGCCTTTGAGAAAAGCCCATCAAAATCAACCACAAGAAAAAGCCCACTCATTTCTTGAGGAAAGGGAAAACCGAGCACAAGTAAATAAAGGCAGAGCACCTAATTTACAGAAGAAATTGCTTCTCAAATCTCTTCAGCATTTCAAATTCTGCTACATAAATTACAATGATGAATTTAGCCGAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130988045
ATGTTCCGCGAAGCCGACGAGAAATGGCCGGTTGTTATCCCCGATCACGAGCTTCAGCAACCCTTCACGGGAATTAAGTTAGCCGATTCAGCTCCAGCTACGAACAATTTGATTGCCTCCGAAGCCGATTCTCAAAGAACTCTGTACCCATATGTTACAGGTACCTCAGTGGTTGGGATTAAGTACAAAGATGGAATTCTCTTTGCTGCTGATATGGGAGGTTCATATGGGTCTACCCTTCGTTACAAGTCTGTGGAGAG...
LOC130988045
ATGATGAATTTAGCCGATTCAGCTCCAGCTACGAACAATTTGATTGCCTCCGAAGCCGATTCTCAAAGAACTCTGTACCCATATGTTACAGGTACCTCAGTGGTTGGGATTAAGTACAAAGATGGAATTCTCTTTGCTGCTGATATGGGAGGTTCATATGGGTCTACCCTTCGTTACAAGTCTGTGGAGAGACTAAAGTCAGTGGGGAAACATTCTGTTATTGGTGCTAGTGGCGAGATCAGTGATTTCCAGGAGATCAT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057767772.1
MFREADEKWPVVIPDHELQQPFTGIKLADSAPATNNLIASEADSQRTLYPYVTGTSVVGIKYKDGILFAADMGGSYGSTLRYKSVERLKSVGKHSVIGASGEISDFQEIMRYLDELILYDNMWDDGNSLGPKEVHNYLTRVMYNRRNKFNPLWNSLVLGGIKNGQKYLGTVSMIGVHYEDDHVATGFGNHLARPILRDEWHENLTYEEGVKLLEKCMRVLLYRDRSAVNKLQIAKITEEGFTLSQPYSLKTFWDLNAFKN...
XP_057767773.1
MMNLADSAPATNNLIASEADSQRTLYPYVTGTSVVGIKYKDGILFAADMGGSYGSTLRYKSVERLKSVGKHSVIGASGEISDFQEIMRYLDELILYDNMWDDGNSLGPKEVHNYLTRVMYNRRNKFNPLWNSLVLGGIKNGQKYLGTVSMIGVHYEDDHVATGFGNHLARPILRDEWHENLTYEEGVKLLEKCMRVLLYRDRSAVNKLQIAKITEEGFTLSQPYSLKTFWDLNAFKNPTLGAEGSW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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