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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000496

染色体: Chr06 坐标: 4070653-4077057 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000496
名称SmilChr06G000496
描述autophagy-related protein 11
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向4070653 - 4077057 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988048
GeneID130988048
locus_tag-
NCBI NameLOC130988048
原始查询LOC130988048

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述autophagy-related protein 11
产物autophagy-related protein 11
ArabidopsisAT4G30790 (AT4G30790)
autophagy-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829202]
identity=58.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0179800 (P0544B02.28)
-
identity=49.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000045 (autophagosome assembly); GO:0000422 (autophagy of mitochondrion); GO:0001934 (positive regulation of protein phosphorylation); GO:0019898 (extrinsic component of membrane); GO:0019901 (protein kinase binding); GO:0030242 (autophagy of peroxisome); GO:0034045 (phagophore assembly site membrane); GO:0034727 (piecemeal microautophagy of the nucleus); GO:0060090 (molecular adaptor activity); GO:0061709 (reticulophagy); GO:1990316 (Atg1/ULK1 kinase complex)
KEGGsmil04136 (Autophagy - other - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF04108 (ATG17_like); PF10377 (ATG11)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988048

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057767777.1
2 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057767777.1
3 Trans-golgi network Trans-golgi network 1.00000 XP_057767777.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.80000 XP_057767777.1
5 Vesicle 囊泡 0.80000 XP_057767777.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:4070924 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C13,C16,C52,C60,D1
Chr6:4071035 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C13,C16,C52,C60,D1
Chr6:4071180 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B102,B20,C33,C58
Chr6:4071503 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B67,C44
Chr6:4071958 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B67,C63
Chr6:4071964 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B67,C63
Chr6:4073084 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B132,C18,C39,C71
Chr6:4073217 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:4073238 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B67,C63
Chr6:4073579 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B130,B64,C25,C29
Chr6:4073743 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,B130
Chr6:4074044 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B139,B32,B9,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767777.1
1155 aa
N
1
578
1155
ATG17_like
ATG11
C
PF04108 ATG17_like 149-484 aa PF10377 ATG11 981-1143 aa
XP_057767778.1
1155 aa
N
1
578
1155
ATG17_like
ATG11
C
PF04108 ATG17_like 149-484 aa PF10377 ATG11 981-1143 aa
XP_057767780.1
1155 aa
N
1
578
1155
ATG17_like
ATG11
C
PF04108 ATG17_like 149-484 aa PF10377 ATG11 981-1143 aa
XP_057767781.1
1128 aa
N
1
564
1128
ATG17_like
ATG11
C
PF04108 ATG17_like 149-484 aa PF10377 ATG11 954-1116 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767777.1 Pfam PF04108 ATG17_like Domain 149 484 2.3e-25 90.5 Autophagy protein ATG17-like domain
XP_057767777.1 Pfam PF10377 ATG11 Family 981 1143 2.3e-21 77.0 Autophagy-related protein 11
XP_057767778.1 Pfam PF04108 ATG17_like Domain 149 484 2.3e-25 90.5 Autophagy protein ATG17-like domain
XP_057767778.1 Pfam PF10377 ATG11 Family 981 1143 2.3e-21 77.0 Autophagy-related protein 11
XP_057767780.1 Pfam PF04108 ATG17_like Domain 149 484 2.3e-25 90.5 Autophagy protein ATG17-like domain
XP_057767780.1 Pfam PF10377 ATG11 Family 981 1143 2.3e-21 77.0 Autophagy-related protein 11
XP_057767781.1 Pfam PF04108 ATG17_like Domain 149 484 2.2e-25 90.6 Autophagy protein ATG17-like domain
XP_057767781.1 Pfam PF10377 ATG11 Family 954 1116 2.2e-21 77.1 Autophagy-related protein 11

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911798.1
TCCCTATTTTCCCTCTGTTCTTCTCTTCTTATGGAATTGGAATCTTCATCATTTTGGAGCTAACGCAAGACTAAGCAAACACACACACAACAACACAGCAAACAAATTAGGCTGCGGCTGCTGTTGTTGCTGCCTGCGTAGGTCTGCCTTTCATTTCACACAATTGTTTATTGAATATATTATAGGCGGAAGAGAAGAAAGATTAGTTTTTTTTAACGAATAATTTAATCAATCATTCATCTTCGGAGCAACACTCCACG...
XM_057911794.1
TCCCTATTTTCCCTCTGTTCTTCTCTTCTTATGGAATTGGAATCTTCATCATTTTGGAGCTAACGCAAGACTAAGCAAACACACACACAACAACACAGCAAACAAATTAGGCTGCGGCTGCTGTTGTTGCTGCCTGCGTAGGTCTGCCTTTCATTTCACACAATTGTTTATTGAATATATTATAGGCGGAAGAGAAGAAAGATTAGTTTTTTTTAACGAATAATTTAATCAATCATTCATCTTCGGAGCAACACTCCACG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130988048
ATGAGTTCAAATGCATTGGAAGGTGTTGTTCAAATGGGAAAACTTGTGATTCATATTGCTGAGAATGGGCACTCGTATGAGCTTGACTGTGAGGAATATACGCTTGTTGAGGCTGTGCAGAAGTTCCTGGAGTCGGTTTGTGGGATACCGTTCAGTGATCAGCTTTTGTTGTGCTTGGACATGAAATTGGACTCTCAGCGCCCCCTCTCGACTTATAAACTCCCATCTAGTGAACGTGAAGTGTTTTTGTTCAATAAAGC...
LOC130988048
ATGAGTTCAAATGCATTGGAAGGTGTTGTTCAAATGGGAAAACTTGTGATTCATATTGCTGAGAATGGGCACTCGTATGAGCTTGACTGTGAGGAATATACGCTTGTTGAGGCTGTGCAGAAGTTCCTGGAGTCGGTTTGTGGGATACCGTTCAGTGATCAGCTTTTGTTGTGCTTGGACATGAAATTGGACTCTCAGCGCCCCCTCTCGACTTATAAACTCCCATCTAGTGAACGTGAAGTGTTTTTGTTCAATAAAGC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057767777.1
MSSNALEGVVQMGKLVIHIAENGHSYELDCEEYTLVEAVQKFLESVCGIPFSDQLLLCLDMKLDSQRPLSTYKLPSSEREVFLFNKARMRSSSPSPALEQCDIIDIPDPPAPSSSHNPHPLDDASDPALKALPSYERQFRYHFQCGDAIYSRTSAKIDMCERLLQEQKVQERALEIARGNLDYFYRIVLQNYSDFMKCYSQQHRQHNSLLVNFGRDVEKLRAIRLHPSLQTTNRKCLLDFVKEENLRKTVEDCGSSHRQF...
XP_057767778.1
MSSNALEGVVQMGKLVIHIAENGHSYELDCEEYTLVEAVQKFLESVCGIPFSDQLLLCLDMKLDSQRPLSTYKLPSSEREVFLFNKARMRSSSPSPALEQCDIIDIPDPPAPSSSHNPHPLDDASDPALKALPSYERQFRYHFQCGDAIYSRTSAKIDMCERLLQEQKVQERALEIARGNLDYFYRIVLQNYSDFMKCYSQQHRQHNSLLVNFGRDVEKLRAIRLHPSLQTTNRKCLLDFVKEENLRKTVEDCGSSHRQF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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