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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000495

染色体: Chr06 坐标: 4066636-4070413 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000495
名称SmilChr06G000495
描述uncharacterized SmilChr06G000495
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向4066636 - 4070413 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988049
GeneID130988049
locus_tag-
NCBI NameLOC130988049
原始查询LOC130988049

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ATP-dependent DNA helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816944]; symbol=ASG1; hit=AT2G24100; species=arabidopsis; confidence=high
产物ATP-dependent DNA helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816944]; symbol=ASG1; hit=AT2G24100; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G24100 (ASG1)
ATP-dependent DNA helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816944]
identity=46.9; qcov=0.968; evalue=4.79e-137; confidence=high
RiceOs06g0186600
-
identity=46.1; qcov=0.774; evalue=2.47e-110; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF24818 (PH_TRF2_HOY1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988049

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057767782.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767782.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767782.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767782.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057767782.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:4066947 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B110
Chr6:4066992 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr6:4067535 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B35
Chr6:4067535 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr6:4067543 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B67,C63
Chr6:4067795 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:4068129 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B47,B76,B78
Chr6:4068232 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B42,B43,B50,C54
Chr6:4068392 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 4 B138,B25,B49,C54
Chr6:4068392 C CT 1bp_insertion CDS_variant 4 B138,B25,B49,C54
Chr6:4069182 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B124,B2,B46,C8
Chr6:4070049 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767782.1
537 aa
N
1
268
537
PH_TRF2_HOY1
C
PF24818 PH_TRF2_HOY1 120-238 aa
XP_057767783.1
536 aa
N
1
268
536
PH_TRF2_HOY1
C
PF24818 PH_TRF2_HOY1 120-238 aa
XP_057767784.1
536 aa
N
1
268
536
PH_TRF2_HOY1
C
PF24818 PH_TRF2_HOY1 119-237 aa
XP_057767785.1
535 aa
N
1
268
535
PH_TRF2_HOY1
C
PF24818 PH_TRF2_HOY1 119-237 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767782.1 Pfam PF24818 PH_TRF2_HOY1 Domain 120 238 6.6e-60 201.0 TRF2/HOY1 PH-like domain
XP_057767783.1 Pfam PF24818 PH_TRF2_HOY1 Domain 120 238 6.6e-60 201.0 TRF2/HOY1 PH-like domain
XP_057767784.1 Pfam PF24818 PH_TRF2_HOY1 Domain 119 237 6.6e-60 201.0 TRF2/HOY1 PH-like domain
XP_057767785.1 Pfam PF24818 PH_TRF2_HOY1 Domain 119 237 6.6e-60 201.0 TRF2/HOY1 PH-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911799.1
TCCATTGAAAAGTATCATATAAATCTTGGACTGAATCCAAATTCCCAACATCCGTGAATCATTCTGCTTTCTCTTCTGAAGAACAACCCGCATTAATCACTTCAATCTTTAATTTTTTCAAAATTCTTCTTTTTGGGTTGTTTGAGAGGGAAGAGTTGCATTACAATCCATCGACAAATTGAGATTCCGGATTTCTATTCAGAGTTGGGGTTTCAATTTTTGAATTCTCTGGGAAGGGTTTTTTTAAAAATTTATTTCGG...
XM_057911800.1
AATCCAAATTCCCAACATCCGTGAATCATTCTGCTTTCTCTTCTGAAGAACAACCCGCATTAATCACTTCAATCTTTAATTTTTTCAAAATTCTTCTTTTTGGGTTGTTTGAGAGGGAAGAGTTGCATTACAATCCATCGACAAATTGAGATTCCGGATTTCTATTCAGAGTTGGGGTTTCAATTTTTGAATTCTCTGGGAAGGGTTTTTTTAAAAATTTATTTCGGTTGATGGTTCAGCTGATGGGATCGCTGCATTCC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130988049
ATGGTTCAGCTGATGGGATCGCTGCATTCCGAGAATTTCGAGGATTTCGCCGAAGAAGAGTATGGCTCTCTCCCTAAACGCTCTCGTTCGGAAGCCGCTCCTTCTACTCAGCAGTTGATGTCTGTGAACCACGTGTCGAATGTGTCACCTTCACAGTACAATCCACTTGATGAGCCAAGTCCTTTGGGTTTGCGGCTCAGAAAAAGTCCGTCATTACTGGATTTAATCCAGATGACGCTCTCCAAAAGAAATAGCAGGTC...
LOC130988049
ATGGTTCAGCTGATGGGATCGCTGCATTCCGAGAATTTCGAGGATTTCGCCGAAGAAGAGTATGGCTCTCTCCCTAAACGCTCTCGTTCGGAAGCCGCTCCTTCTACTCAGCAGTTGATGTCTGTGAACCACGTGTCGAATGTGTCACCTTCACAGTACAATCCACTTGATGAGCCAAGTCCTTTGGGTTTGCGGCTCAGAAAAAGTCCGTCATTACTGGATTTAATCCAGATGACGCTCTCCAAAAGAAATAGCAGGTC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057767782.1
MVQLMGSLHSENFEDFAEEEYGSLPKRSRSEAAPSTQQLMSVNHVSNVSPSQYNPLDEPSPLGLRLRKSPSLLDLIQMTLSKRNSRSISENTTEMTNQGSKKDTRGSIALSASDKLKASNFPASLLRIGSWEYVSKYEGDLVAKCYFAKHKLVWEVLDGGLKSKIEIQWSEITALKADIPDDGPGSLTIVLARQPAFFRETNPQPRKHTLWQATTDFTDGQASKNKQHFLQCPPGMLDKHYEKLIQCDVRLSVLSQQPEI...
XP_057767783.1
MVQLMGSLHSENFEDFAEEEYGSLPKRSRSEAAPSTQQLMSVNHVSNVSPSQYNPLDEPSPLGLRLRKSPSLLDLIQMTLSKRNSRSISENTTEMTNQGSKKDTRGSIALSASDKLKASNFPASLLRIGSWEYVSKYEGDLVAKCYFAKHKLVWEVLDGGLKSKIEIQWSEITALKADIPDDGPGSLTIVLARQPAFFRETNPQPRKHTLWQATTDFTDGQASKNKQHFLQCPPGMLDKHYEKLIQCDVRLSVLSQQPEI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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