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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000500`

染色体: Chr06 坐标: 4102097-4111040 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000500`
名称	SmilChr06G000500
描述	DNA-directed RNA polymerase 3, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	4102097 - 4111040 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988051`
GeneID	`130988051`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988051`
原始查询	`LOC130988051`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA-directed RNA polymerase 3, chloroplastic
产物	DNA-directed RNA polymerase 3%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT2G24120` (SCA3) DNA/RNA polymerases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816946] identity=68.3; qcov=0.957; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0246200` (OsRpoTm) - identity=64.3; qcov=0.902; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003899 (DNA-directed RNA polymerase activity); GO:0006390 (mitochondrial transcription); GO:0034245 (mitochondrial DNA-directed RNA polymerase complex)
KEGG	-
Pfam	PF00940 (RNA_pol); PF14700 (RPOL_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988051

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057767787.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.80000	`XP_057767787.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057767787.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767787.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767787.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:4102616`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,B40
`Chr6:4102824`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,B102,B20,C33,C58
`Chr6:4102981`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr6:4103028`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr6:4103152`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	36	A20,A21,A4,A5,B106,B115,B125,B127,B139,B22,B28,B3,B33,B37,B7,B78,B83,B87,B94,B97,C13,C15,C20,C22,C24,C27,C33,C41,C46,C59,C70,C72,C77,C83,D10,D7
`Chr6:4104043`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr6:4104152`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,B102,B20,C33,C58
`Chr6:4105427`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:4105449`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C61
`Chr6:4105722`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B23
`Chr6:4106454`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C2,C32,C68
`Chr6:4106624`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767787.1

952 aa

476

952

RPOL_N

RNA_pol

PF14700 RPOL_N 121-438 aa PF00940 RNA_pol 561-923 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767787.1`	Pfam	`PF14700`	RPOL_N	Domain	121	438	7.1e-77	259.8	DNA-directed RNA polymerase N-terminal
`XP_057767787.1`	Pfam	`PF00940`	RNA_pol	Family	561	923	2.6e-163	544.8	DNA-dependent RNA polymerase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911804.1
GGTTTTTGAGAGGGTTTTTGATTTCCCTCTTCCTTCAAACCTCTTCTTCTCTTCTCTTCTCTGTTTTCACTCTTATCCACTCTCAGTAGCCAGCTTCCCCTTACTCCAACCCCACCCCCTCGCAGCAGAAACTTCATTAGCTCTGGCTTCAACAACTCCTTTTGTCCCGAGCTCTAGAGCTCAATTTCACCAGCCTCGGCCGCCATGGAGACCTCGAAAGAAGTTCAATTTCGTTTCCATGTCAACCCCCGAAACTCCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988051
ATGTCAACCCCCGAAACTCCCAGCTTTTCGCGGAACACCCAATTTCCCTCGTCCTCTTTCCCCCAAAACCTTAAACTCCATTCATTGCACAAGCGGCCTCCTCTTCTTCCACCTCCTATCTCGGACGCCACCGACCACAATTATCCCGGAAGCGCCGACCACATGTCGAATTTGCAAGTAATTCCGAATGGGTTTCCGACGAATTTGACGAGTGAATCGGAAGGGAGGGTTTTCATTCGGGACCCGCCTTGGATTTCCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767787.1
MSTPETPSFSRNTQFPSSSFPQNLKLHSLHKRPPLLPPPISDATDHNYPGSADHMSNLQVIPNGFPTNLTSESEGRVFIRDPPWISALFMKSLLFSSKKSSGVKLEFQEMERRKYYLLRRRQVKAETEAWQNMVEEYRELEREMCERKLAPNLPYFKKLMLGWFQPFREAIEKEQNVRRSLKNKAAFAPFIDALPADKIAIIVMHKIMSLLMMGGKGDRTVRVVEAAVQIGVAIEQEVRIQNFFKKEKSDQRRVVVAEGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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