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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000539

染色体: Chr06 坐标: 4502643-4503525 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000539
名称SmilChr06G000539
描述early nodulin-like protein 12
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向4502643 - 4503525 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988083
GeneID130988083
locus_tag-
NCBI NameLOC130988083
原始查询LOC130988083

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述early nodulin-like protein 12
产物early nodulin-like protein 12
ArabidopsisAT4G30590 (ENODL12)
early nodulin-like protein 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829182]
identity=43.6; qcov=0.787; evalue=8.86e-38; confidence=medium
RiceOs01g0748150 (OsENODL1)
-
identity=39.7; qcov=0.792; evalue=2.66e-27; confidence=medium
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity)
KEGG-
PfamPF02298 (Cu_bind_like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988083

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057767823.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057767823.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767823.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767823.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767823.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:4502778 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr6:4502831 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B55,C2
Chr6:4502993 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr6:4503083 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,B137,B72,C19
Chr6:4503182 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr6:4503306 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B30,B75,B84,C19,D10
Chr6:4503307 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B30,B75,B84,C19,D10
Chr6:4503312 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 2 A8,C85
Chr6:4503312 C CT 1bp_insertion CDS_variant 2 A8,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767823.1
178 aa
N
1
89
178
Cu_bind_like
C
PF02298 Cu_bind_like 31-115 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767823.1 Pfam PF02298 Cu_bind_like Domain 31 115 6.2e-25 87.7 Plastocyanin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911840.1
CCTCAACAACTTCAACCCCATCATTTTGCTCAACAAATCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTAGAAATGGCTTTCTGGAAAACCCTAGTTCTCTTCTTGGCTCTCCTTCATTCCTCTCAAGCTAGGGAATTTCACGTCATCGACGATAAGGCTTCATGGCAGATTCCCTCCTCCCCCGACGCCTTCGACAAATGGGCCCAAAACAACCGTTTCGAAATCGGCGATTCCATCGTTTTCAAGTACGACGGCAAGGCAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988083
ATGGCTTTCTGGAAAACCCTAGTTCTCTTCTTGGCTCTCCTTCATTCCTCTCAAGCTAGGGAATTTCACGTCATCGACGATAAGGCTTCATGGCAGATTCCCTCCTCCCCCGACGCCTTCGACAAATGGGCCCAAAACAACCGTTTCGAAATCGGCGATTCCATCGTTTTCAAGTACGACGGCAAGGCAGATTCGGTGGTGGAAGTGAGCGAAGCAGACTTCAAAACATGCAGCGCTTCAAATCCCATCAAATCCTTCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767823.1
MAFWKTLVLFLALLHSSQAREFHVIDDKASWQIPSSPDAFDKWAQNNRFEIGDSIVFKYDGKADSVVEVSEADFKTCSASNPIKSFSDGNTVIALDKSGPLFFISAAPAHCQKGQKLHIRVLSANHHHHHRPAAAPAPSPIAHHSPAPAPAPHNAAAVALRAGFLAAAAMALASAALV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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