Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000542`

染色体: Chr06 坐标: 4538324-4544715 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000542`
名称	SmilChr06G000542
描述	transcriptional regulator STERILE APETALA
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	4538324 - 4544715 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988087`
GeneID	`130988087`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988087`
原始查询	`LOC130988087`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcriptional regulator STERILE APETALA
产物	transcriptional regulator STERILE APETALA
Arabidopsis	`AT5G35770` (SAP) Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833556] identity=57.8; qcov=1; evalue=9.16e-166; confidence=high
Rice	`-` -
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0030687 (preribosome, large subunit precursor)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988087

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057767827.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057767827.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057767827.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767827.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767827.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:4538591`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr6:4538615`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B119
`Chr6:4542187`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B140,B77,B84
`Chr6:4542195`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr6:4542226`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A20,B51
`Chr6:4542241`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr6:4542361`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B135
`Chr6:4542448`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B110,B118,C42,C63
`Chr6:4542502`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr6:4542512`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr6:4542556`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C23,C24,C83,C85
`Chr6:4542583`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B100,C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911844.1
TTTTGTCTTTCTATTTTTCGATATTTTCTTTTTCCCTTTTTTTTATTACTAGTATTTTAGAAAGATATAACCAAATCAAGTCTCCTCTGCTGTGACATAATCTTCAAACACTCAAAATCAGTCCCCATTTTTGGGCCCCCTCACTTTGTGTCTCTTTCTTTTTATTTTATCTCCGCTTAGTTTGTTTTTCCGTTTTGTGTCCATTTTTCGCGGTTTCTTCGGTTATAGCTGATTGCTATTGCCCTCACCCCATATGTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988087
ATGTCAACATCATCCTCTTCAAGCAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGGTCTTCCCGGAGAAGGATGAGATCAAGAAAGGGTGTTTGGCCGGAGCCATTTGTGGAGGCTCTTGCATTTCAAGTCGCCATTGATGCATCCCTCCATGCTGGCCGACTTGCTGCTGCTCAAGCTCTCTTCAACATCTTTCAAGTTTGTTCGACGTGGAGAGCCATCTCACGCTCCGAGCTTCTATGGCAGAACCTGACGCGGCGGATTTGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767827.1
MSTSSSSSSGGGGGGGSSRRRMRSRKGVWPEPFVEALAFQVAIDASLHAGRLAAAQALFNIFQVCSTWRAISRSELLWQNLTRRIWNAERLRRNTWREEYISRHRTAANFRQRSYVHTTLPYIPADNINNGLSCRRLALSDDHLAAGFSDGAVYLFHLLSRLHLTTFYPHHRDRLGRFSSSVSGIILSDVRLVFATLDGDIHVTTINGGMPLRRAHIGDVVNDGALVDFTGSNRWWVGLYAGVPGRAFHIRNGETEELVF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器