当前解析结果
SmilChr06G000543| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000543 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000543 |
| 描述 | leucine aminopeptidase 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 4546109 - 4550399 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130988088 |
|---|---|
| GeneID | 130988088 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988088 |
| 原始查询 | LOC130988088 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | leucine aminopeptidase 1-like |
| 产物 | leucine aminopeptidase 1-like |
| Arabidopsis | AT4G30920 (LAP2)Cytosol aminopeptidase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829216] identity=73.9; qcov=0.95; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os12g0434400- identity=65.8; qcov=0.917; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006508 (proteolysis); GO:0030145 (manganese ion binding); GO:0070006 (metalloaminopeptidase activity) |
| KEGG | smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00883 (Peptidase_M17); PF02789 (Peptidase_M17_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988088 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057767828.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.40000 | XP_057767828.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057767828.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767828.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057767828.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:4546409 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr6:4546576 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B41,B44,D11 |
Chr6:4546716 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr6:4546726 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr6:4546984 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr6:4547329 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C70 |
Chr6:4547329 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C70 |
Chr6:4548650 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C12 |
Chr6:4548859 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C64,C66,D6 |
Chr6:4549319 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B2,B63,B77,B83 |
Chr6:4549359 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B107,C15 |
Chr6:4549369 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B107,C15 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767828.1PF02789
Peptidase_M17_N 97-230 aa
PF00883
Peptidase_M17 267-573 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767828.1 |
Pfam | PF02789 |
Peptidase_M17_N | Domain | 97 | 230 | 1.7e-23 | 83.6 | Cytosol aminopeptidase family, N-terminal domain |
XP_057767828.1 |
Pfam | PF00883 |
Peptidase_M17 | Domain | 267 | 573 | 6.1e-115 | 384.5 | Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。