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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000547

染色体: Chr06 坐标: 4566292-4568473 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000547
名称SmilChr06G000547
描述probable purine permease 5
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向4566292 - 4568473 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988094
GeneID130988094
locus_tag-
NCBI NameLOC130988094
原始查询LOC130988094

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable purine permease 5
产物probable purine permease 5
ArabidopsisAT2G24220 (PUP5)
purine permease 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816956]
identity=70.5; qcov=0.906; evalue=6.56e-152; confidence=high
RiceOs09g0557500 (OsPUP5)
-
identity=61.9; qcov=0.961; evalue=4.28e-151; confidence=high
GOGO:0015211 (purine nucleoside transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF16913 (PUNUT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988094

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057767838.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057767838.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057767838.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767838.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767838.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:4567332 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:4567378 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B66,B76,B94
Chr6:4567541 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr6:4567856 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,C43
Chr6:4567870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,B69
Chr6:4567885 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 11 A10,B106,B119,B136,B21,B4,B64,B73,B74,C22,D3
Chr6:4567911 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B66,B76,B94
Chr6:4568089 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B65,C49
Chr6:4568103 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B129,B138,B25,B49,B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767838.1
360 aa
N
1
180
360
PUNUT
C
PF16913 PUNUT 43-353 aa
XP_057767839.1
360 aa
N
1
180
360
PUNUT
C
PF16913 PUNUT 43-353 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767838.1 Pfam PF16913 PUNUT Family 43 353 7e-95 318.7 Purine nucleobase transmembrane transport
XP_057767839.1 Pfam PF16913 PUNUT Family 43 353 7e-95 318.7 Purine nucleobase transmembrane transport

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911855.1
TATCCACGTACGTGTTATTTTCATGACCACATTCCAAAAGTCGTTTTCAACCCGTTTGGCTTTTGCGACCTAATTTAATTACTCTCTTTATGGAAAGAATTATTGTATCTTGTTTGTGCTATGAAATTAAAGAGTTATTTACTTCTAATAAAGGGGGTTTGATCTTAAGAAAGCATGCAGCAGCAATTATTAATGTCAGATATGGAAGATCCAAGGCCAAAAACCATTAAAGAAAAGCTCGAGGCTTACAAGGCTGTGGC...
XM_057911856.1
CGTTTTCAACCCGTTTGGCTTTTGCGACCTAATTTAATTACTCTCTTTATGGAAAGAATTATTGTATCTTGTTTGTGCTATGAAATTAAAGAGTTATTTACTTCTAATAAAGGGGGTTTGATCTTAAGAAAGCATGCAGCAGCAATTATTAATGTCAGATATGGAAGATCCAAGGCCAAAAACCATTAAAGAAAAGCTCGAGGCTTACAAGGCTGTGGCATTGAATACATTCAACACCAAGCCTATCTCACATTGGATCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130988094
ATGCAGCAGCAATTATTAATGTCAGATATGGAAGATCCAAGGCCAAAAACCATTAAAGAAAAGCTCGAGGCTTACAAGGCTGTGGCATTGAATACATTCAACACCAAGCCTATCTCACATTGGATCCTCTTAGCTCTAAGCAGTGGAGCAATGCTCGTGGCATTCCCCGCCTCCTCTCTACTGTCGCGTGTTTATTACTCCGATGGTGGGGAGAGCAAGTGGATAATCTCATGGGTGGCTGTTGCCGGATGGCCTATCCC...
LOC130988094
ATGCAGCAGCAATTATTAATGTCAGATATGGAAGATCCAAGGCCAAAAACCATTAAAGAAAAGCTCGAGGCTTACAAGGCTGTGGCATTGAATACATTCAACACCAAGCCTATCTCACATTGGATCCTCTTAGCTCTAAGCAGTGGAGCAATGCTCGTGGCATTCCCCGCCTCCTCTCTACTGTCGCGTGTTTATTACTCCGATGGTGGGGAGAGCAAGTGGATAATCTCATGGGTGGCTGTTGCCGGATGGCCTATCCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057767838.1
MQQQLLMSDMEDPRPKTIKEKLEAYKAVALNTFNTKPISHWILLALSSGAMLVAFPASSLLSRVYYSDGGESKWIISWVAVAGWPIPALVLIPTYFVLGVSPTPLNLKLVVSYVVLGFLSAADNLMYAYGYAYMPASTASLLGSTSLIFSTLFGCLLVKNKINASIINAIVIITAAMVIIALDSDSDRYGSVTDRQYAMGFIWNVLGSMLHGLLFALSELVFVKLLGRRSFHVVLEQQVMVSMLGFVFTTVGLVINNDFQ...
XP_057767839.1
MQQQLLMSDMEDPRPKTIKEKLEAYKAVALNTFNTKPISHWILLALSSGAMLVAFPASSLLSRVYYSDGGESKWIISWVAVAGWPIPALVLIPTYFVLGVSPTPLNLKLVVSYVVLGFLSAADNLMYAYGYAYMPASTASLLGSTSLIFSTLFGCLLVKNKINASIINAIVIITAAMVIIALDSDSDRYGSVTDRQYAMGFIWNVLGSMLHGLLFALSELVFVKLLGRRSFHVVLEQQVMVSMLGFVFTTVGLVINNDFQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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