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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000578

染色体: Chr06 坐标: 4957349-4963620 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000578
名称SmilChr06G000578
描述uncharacterized SmilChr06G000578
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向4957349 - 4963620 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988123
GeneID130988123
locus_tag-
NCBI NameLOC130988123
原始查询LOC130988123

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述defective in cullin neddylation protein (DUF298) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838156]; symbol=AT1G15860; hit=AT1G15860; species=arabidopsis; confidence=high
产物defective in cullin neddylation protein (DUF298) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838156]; symbol=AT1G15860; hit=AT1G15860; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G15860 (AT1G15860)
defective in cullin neddylation protein (DUF298) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838156]
identity=59.8; qcov=0.979; evalue=3.43e-100; confidence=high
RiceOs08g0439150
-
identity=65; qcov=0.5; evalue=7.88e-54; confidence=medium
GOGO:0000151 (ubiquitin ligase complex); GO:0031624 (ubiquitin conjugating enzyme binding); GO:0032182 (ubiquitin-like protein binding); GO:0045116 (protein neddylation); GO:0051443 (positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity); GO:0097602 (cullin family protein binding)
KEGG-
PfamPF03556 (Cullin_binding)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988123

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057767874.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057767874.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057767874.1
4 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057767875.1
5 Spindle pole Spindle pole 0.20000 XP_057767875.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:4960556 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:4960601 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,B70,B71,C62
Chr6:4962372 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,B70,B71,C62
Chr6:4962414 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767874.1
238 aa
N
1
119
238
Cullin_binding
C
PF03556 Cullin_binding 110-211 aa
XP_057767875.1
234 aa
N
1
117
234
Cullin_binding
C
PF03556 Cullin_binding 110-224 aa
XP_057767876.1
234 aa
N
1
117
234
Cullin_binding
C
PF03556 Cullin_binding 110-224 aa
XP_057767877.1
234 aa
N
1
117
234
Cullin_binding
C
PF03556 Cullin_binding 110-224 aa
XP_057767878.1
234 aa
N
1
117
234
Cullin_binding
C
PF03556 Cullin_binding 110-224 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767874.1 Pfam PF03556 Cullin_binding Family 110 211 7.6e-21 75.4 Cullin binding
XP_057767875.1 Pfam PF03556 Cullin_binding Family 110 224 1.8e-30 106.4 Cullin binding
XP_057767876.1 Pfam PF03556 Cullin_binding Family 110 224 1.8e-30 106.4 Cullin binding
XP_057767877.1 Pfam PF03556 Cullin_binding Family 110 224 1.8e-30 106.4 Cullin binding
XP_057767878.1 Pfam PF03556 Cullin_binding Family 110 224 1.8e-30 106.4 Cullin binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XR_009089988.1
TTGCCGTTTCTAAACATTGTTTTTCTCTTCTTTTTTCTTTTTGTGCATCATCTAATAATGTTAGGTAAATATCATATTTACTTGGGCAGATAAGCTTTCCAGACCTTAACAATTACGACACGGATGAAGCTTGGCCATTAATTCTGGATAATTTTGTTGATTGGACGAAACGACAAGAAAATGTGGTTAGTGCATGAGTTTGGGTCAAGATTGCAGGTTTTCCAGATTCCTAAATGCGGAACGAACAACTATGGAAGAGT...
XR_009089987.1
TTTTGGGAGGGGAGAGTATAAAATTAAAAGATTCCTGAAAAAGATTAATTAAATAACACTATGTAAAGATAAATCATTGAATTAGGGTAGAGGTGGGCAAATAGAAATAAGTTGGTCTGGCATTAGGAAAGTTGGTCTGGCAGTAGCAATGAGCACAAACGAAGCTTCTTTCCCCTCCGACCCCTCGAAAACCCGAGGCTCGTACATTCACCTCCCTTCCGCTCCTGGGAAAAACTATAAAATCCCCATCTACACCCAAA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130988123
ATGACTCGCGCCTCCAAGAGAAAATCGGATAATCAAACCTCTGCGCCTGTCAAAACTGCCCGCGTCGACTCTGTTCGTTCCGCATCCAGCAAAGCTGCAAAGAAAGTGGAGGAACGTATTGATGAACTTTACACAAAATATGCTAATCAGTCGTCATGTGTGATTGATCCAGAAGGGGTTGAAGCATTATGCTCTGATTTAAAGGTGGACTGTACTGATGTTAGGATATTGGTGCTAGCTTGGAAAATGAATGCTCAGAA...
LOC130988123
ATGACTCGCGCCTCCAAGAGAAAATCGGATAATCAAACCTCTGCGCCTGTCAAAACTGCCCGCGTCGACTCTGTTCGTTCCGCATCCAGCAAAGCTGCAAAGAAAGTGGAGGAACGTATTGATGAACTTTACACAAAATATGCTAATCAGTCGTCATGTGTGATTGATCCAGAAGGGGTTGAAGCATTATGCTCTGATTTAAAGGTGGACTGTACTGATGTTAGGATATTGGTGCTAGCTTGGAAAATGAATGCTCAGAA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057767874.1
MTRASKRKSDNQTSAPVKTARVDSVRSASSKAAKKVEERIDELYTKYANQSSCVIDPEGVEALCSDLKVDCTDVRILVLAWKMNAQKQGYFTQDEWRRGLKTLKADTITKLKKSLPELEKEALKSENFDDFYRYAFRYCLTEDNKKCLDIETACVLLQLVLGVQYQDQVDSFIKFLKSQSDYKVINMDQWTNFFRFCQEVLLSSYFKSVAWRVEIFILPGDNTNWLNISVSLPRHPMI
XP_057767875.1
MTRASKRKSDNQTSAPVKTARVDSVRSASSKAAKKVEERIDELYTKYANQSSCVIDPEGVEALCSDLKVDCTDVRILVLAWKMNAQKQGYFTQDEWRRGLKTLKADTITKLKKSLPELEKEALKSENFDDFYRYAFRYCLTEDNKKCLDIETACVLLQLVLGVQYQDQVDSFIKFLKSQSDYKVINMDQWTNFFRFCQEISFPDLNNYDTDEAWPLILDNFVDWTKRQENVVSA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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