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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000585

染色体: Chr06 坐标: 5026361-5028442 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000585
名称SmilChr06G000585
描述sugar carrier protein A
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向5026361 - 5028442 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988130
GeneID130988130
locus_tag-
NCBI NameLOC130988130
原始查询LOC130988130

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述sugar carrier protein A
产物sugar carrier protein A
ArabidopsisAT4G02050 (STP7)
sugar transporter protein 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828154]
identity=78.9; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0416200
-
identity=79.9; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
GOGO:0015145 (monosaccharide transmembrane transporter activity); GO:0015749 (monosaccharide transmembrane transport); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988130

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057767888.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767888.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767888.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767888.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767888.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:5026582 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B72,B86,C33
Chr6:5026588 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr6:5026702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr6:5026726 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B72,B86,C33
Chr6:5026747 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B99,C72,C78
Chr6:5026750 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B124,B140,B2,B46,C8
Chr6:5026795 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,A23,B140,D7
Chr6:5026798 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr6:5027161 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B124,B140,B2,B46,C8
Chr6:5027398 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,C71
Chr6:5027717 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr6:5027721 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B11,B53,C1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767888.1
499 aa
N
1
250
499
Sugar_tr
MFS_1
C
PF00083 Sugar_tr 31-485 aa PF07690 MFS_1 88-432 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767888.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 31 485 4.5e-124 415.5 Sugar (and other) transporter
XP_057767888.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 88 432 7e-24 85.1 Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911905.1
AATTTCTTATCCTCTCATTCATATAGCATGTGCCTACTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCCCTTGTGCATGATTTGGTCAACGATATATAAGTGCATCAGGAGATAGCTGTTAAAGCAGGATACAAGAATTCCACAAAGAATGAGGTTTGTTACGTGTTGATTTGTGGATGTGCAGATTTGGTTTGAAGTGAAAAAGGAGAAGCCCTGTTGAATTGCAATGGCGGGAGGGTCGGTGGGTCCCGCCGGAGTGTCGAAGGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988130
ATGGCGGGAGGGTCGGTGGGTCCCGCCGGAGTGTCGAAGGAGAGGGCGGGGGAGTATAAGGGGAGAGTCACTGCTTACGTCGTCGTTGCTTGCCTTGTTGCTGCTATTGGTGGATCACTCTTTGGCTATGATATTGGAATTTCAGGGGGAGTTACATCGATGGATGGATTCCTCAAGAAATTCTTCCCCGCTGTGTACAAAAACAAACAGCACGCTCATGAAAACAATTACTGCAAGTACAACAATCAAGGCCTCGCAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767888.1
MAGGSVGPAGVSKERAGEYKGRVTAYVVVACLVAAIGGSLFGYDIGISGGVTSMDGFLKKFFPAVYKNKQHAHENNYCKYNNQGLAAFTSSLYLAGLLSSLVASPITRKYGRRGSIICGGVSFMIGAALDASAVNLVMLILGRIMLGVGIGFGNQAVPLYLSEMAPTHLRGGLNMMFQLATTLGIFTANMINYGTQKLQPWGWRLSLGLAAAPAILMTIGGVLLPETPNSLIERGLEKKGRKVLEKIRGTSDVQAELQDI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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