当前解析结果
SmilChr06G000590| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000590 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000590 |
| 描述 | NAC domain-containing protein 79-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 5079450 - 5080896 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130988136 |
|---|---|
| GeneID | 130988136 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988136 |
| 原始查询 | LOC130988136 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NAC domain-containing protein 79-like |
| 产物 | NAC domain-containing protein 79-like |
| Arabidopsis | AT5G07680 (NAC080)NAC domain containing protein 80 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830661] identity=58.5; qcov=0.675; evalue=2.03e-68; confidence=high |
| Rice | Os07g0684800 (ONAC015)- identity=61.1; qcov=0.616; evalue=2.95e-64; confidence=high |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02365 (NAM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988136 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057767892.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767892.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057767892.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057767892.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057767892.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:5079706 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 109 | A11,A14,A19,A2,A23,A24,A4,A8,B1,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B108,B11,B111,B113,B119,B12,B120,B126,B127,B128,B129,B13,B131,B132,B133,B134,B135,B137,B138,B139,B18,B2,B20,B22,B25,B26,B27,B29,B33,B36,B37,B45,B46,B47,B48,B53,B55,B57,B58,B61,B66,B68,B69,B7,B72,B74,B75,B76,B79,B81,B85,B87,B89,B91,B94,B95,B97,C1,C10,C11,C13,C15,C16,C18,C2,C21,C22,C23,C24,C25,C30,C32,C33,C40,C41,C49,C52,C57,C58,C68,C69,C72,C73,C75,C76,C77,C79,C85,C87,C9,D10,D11,D4,D8 |
Chr6:5079710 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 86 | A11,A19,A2,A24,A4,A8,B1,B100,B102,B103,B104,B105,B108,B11,B111,B113,B12,B126,B127,B128,B129,B13,B131,B132,B133,B134,B137,B138,B139,B18,B2,B20,B25,B26,B27,B33,B36,B45,B46,B47,B48,B53,B55,B57,B68,B69,B7,B72,B74,B81,B87,B89,B91,B94,B95,B97,C1,C10,C11,C13,C16,C2,C21,C22,C23,C30,C32,C33,C40,C49,C52,C57,C68,C69,C72,C75,C76,C77,C79,C85,C87,C9,D10,D11,D4,D8 |
Chr6:5079722 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A8,C71 |
Chr6:5080174 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | A18,B24,B66,B76,C62 |
Chr6:5080174 |
GT |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 5 | A18,B24,B66,B76,C62 |
Chr6:5080668 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C2,C32,C68 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767892.1PF02365
NAM 15-141 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767892.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 15 | 141 | 5.4e-44 | 150.3 | No apical meristem (NAM) protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。