Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000592

染色体: Chr06 坐标: 5106813-5107730 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000592
名称SmilChr06G000592
描述uncharacterized SmilChr06G000592
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向5106813 - 5107730 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988138
GeneID130988138
locus_tag-
NCBI NameLOC130988138
原始查询LOC130988138

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述stress induced protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832595]; symbol=AT5G25240; hit=AT5G25240; species=arabidopsis; confidence=low
产物stress induced protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832595]; symbol=AT5G25240; hit=AT5G25240; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G25240 (AT5G25240)
stress induced protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832595]
identity=38.3; qcov=0.882; evalue=1.45e-10; confidence=low
RiceOs02g0743200
-
identity=37.8; qcov=0.721; evalue=3.41e-07; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988138

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057767894.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767894.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767894.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767894.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057767894.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:5107139 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr6:5107239 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B86,C33
Chr6:5107519 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 131 A14,A15,A16,A19,A20,A22,A23,A24,A25,A5,A7,B1,B101,B103,B105,B106,B108,B11,B112,B114,B115,B119,B12,B120,B121,B123,B124,B125,B126,B130,B131,B137,B138,B139,B17,B18,B2,B22,B23,B26,B27,B29,B3,B31,B32,B35,B36,B38,B39,B42,B43,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B55,B6,B60,B62,B64,B65,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B79,B8,B81,B85,B90,B91,B92,B94,B97,B98,C1,C11,C12,C15,C16,C18,C2,C20,C21,C22,C23,C25,C26,C3,C30,C37,C4,C40,C41,C44,C45,C47,C49,C5,C52,C53,C55,C57,C62,C65,C67,C69,C70,C75,C76,C77,C78,C79,C80,C83,C85,C87,C9,D11,D3,D4,D5
Chr6:5107521 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 131 A14,A15,A16,A19,A20,A22,A23,A24,A25,A5,A7,B1,B101,B103,B105,B106,B108,B11,B112,B114,B115,B119,B12,B120,B121,B123,B124,B125,B126,B130,B131,B137,B138,B139,B17,B18,B2,B22,B23,B26,B27,B29,B3,B31,B32,B35,B36,B38,B39,B42,B43,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B55,B6,B60,B62,B64,B65,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B79,B8,B81,B85,B90,B91,B92,B94,B97,B98,C1,C11,C12,C15,C16,C18,C2,C20,C21,C22,C23,C25,C26,C3,C30,C37,C4,C40,C41,C44,C45,C47,C49,C5,C52,C53,C55,C57,C62,C65,C67,C69,C70,C75,C76,C77,C78,C79,C80,C83,C85,C87,C9,D11,D3,D4,D5
Chr6:5107522 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 131 A14,A15,A16,A19,A20,A22,A23,A24,A25,A5,A7,B1,B101,B103,B105,B106,B108,B11,B112,B114,B115,B119,B12,B120,B121,B123,B124,B125,B126,B130,B131,B137,B138,B139,B17,B18,B2,B22,B23,B26,B27,B29,B3,B31,B32,B35,B36,B38,B39,B42,B43,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B55,B6,B60,B62,B64,B65,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B79,B8,B81,B85,B90,B91,B92,B94,B97,B98,C1,C11,C12,C15,C16,C18,C2,C20,C21,C22,C23,C25,C26,C3,C30,C37,C4,C40,C41,C44,C45,C47,C49,C5,C52,C53,C55,C57,C62,C65,C67,C69,C70,C75,C76,C77,C78,C79,C80,C83,C85,C87,C9,D11,D3,D4,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911911.1
CTCTCATTGCAAGTTCTTGGATATTTCTTCCCATTTCTATCTTCAACTCTCTCTCACGCACACACGCGCGCGCGACACGCTTAGACACAGATACATAAATACATTACGAGAGAGAGATATATATAACTTCAAATAGAATTGCACACACTACATTAGAATTACGTTCCCTCCACCCTTGTTTTCTCATCATATATGAATATGAACATGGCAACATACGATGAGACGGCGGCGGGCAGCGGAGGTGGCTGCAGTTTCCGGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988138
ATGAATATGAACATGGCAACATACGATGAGACGGCGGCGGGCAGCGGAGGTGGCTGCAGTTTCCGGCGGTTCTGCTGCGGCGGGGACGAAGACGAGGGCCATAGGTCTCTTCTTGGCGAAAAGGAAGGCGGAGCGGAGTGGTGGTTCGTAGCAAAACTCAAGAAACTGAGGGAGTTGTCGGAGGTGGTGGCGGGGCCTAAATGGAAGAATTTGATCAGAAAGATGGGCAGAATTTGCAATTCCAGGAAACAGAATAAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767894.1
MNMNMATYDETAAGSGGGCSFRRFCCGGDEDEGHRSLLGEKEGGAEWWFVAKLKKLRELSEVVAGPKWKNLIRKMGRICNSRKQNKSAVESRYSPESYALNFSGDANEDDQELSHSFSTRFATGFAINDHQRRPGL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器