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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000596

染色体: Chr06 坐标: 5129327-5130298 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000596
名称SmilChr06G000596
描述UDP-glycosyltransferase 74E1-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向5129327 - 5130298 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988144
GeneID130988144
locus_tag-
NCBI NameLOC130988144
原始查询LOC130988144

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glycosyltransferase 74E1-like
产物UDP-glycosyltransferase 74E1-like
ArabidopsisAT1G05675 (AT1G05675)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:10723139]
identity=49.5; qcov=1.12; evalue=1.02e-55; confidence=high
RiceOs09g0518200 (OsSGT)
-
identity=50; qcov=1.14; evalue=3.47e-56; confidence=high
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988144

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057767899.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057767899.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057767899.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767899.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767899.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:5129775 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 2 C39,C87
Chr6:5129775 GA G 1bp_deletion CDS_variant 2 C39,C87
Chr6:5129790 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 2 C39,C87
Chr6:5129790 C CA 1bp_insertion CDS_variant 2 C39,C87
Chr6:5129806 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 14 A10,B113,B132,B21,B42,B43,B50,B65,B78,B80,C14,C34,C54,C55
Chr6:5129837 CAG C 2bp_deletion frameshift_variant 8 B108,B129,B138,B25,B61,C39,C56,C87
Chr6:5129871 A AGG 2bp_insertion frameshift_variant 149 A11,A16,A18,A20,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B106,B109,B11,B110,B112,B114,B115,B12,B121,B122,B123,B125,B127,B128,B130,B135,B137,B139,B140,B15,B16,B17,B19,B2,B20,B22,B23,B26,B28,B3,B30,B31,B33,B38,B4,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B50,B52,B53,B54,B55,B56,B60,B62,B63,B64,B67,B68,B69,B70,B71,B72,B73,B75,B77,B78,B8,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B89,B90,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C13,C18,C19,C2,C20,C22,C24,C25,C26,C28,C29,C3,C30,C32,C33,C34,C37,C38,C4,C44,C46,C47,C48,C49,C51,C6,C60,C62,C65,C67,C68,C7,C72,C77,C78,C8,C82,C84,C85,C86,C9,D1,D10,D11,D3,D4,D7,D8,D9
Chr6:5129897 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 96 A1,A10,A13,A14,A15,A23,A4,A8,A9,B101,B110,B117,B119,B120,B121,B122,B123,B127,B128,B130,B133,B134,B136,B16,B17,B18,B21,B27,B29,B3,B31,B34,B37,B4,B40,B46,B47,B49,B5,B53,B54,B56,B58,B59,B6,B66,B74,B75,B76,B79,B83,B85,B87,B88,B9,B90,B91,B96,C11,C13,C14,C18,C27,C28,C29,C31,C32,C35,C37,C42,C43,C44,C48,C50,C56,C59,C60,C61,C62,C64,C65,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C73,C74,C76,C78,C80,C81,C84,D6,D8
Chr6:5129919 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,B132
Chr6:5129923 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C16,C52
Chr6:5129946 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B70,B71,C62,D3
Chr6:5129966 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B37,B84,C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767899.1
169 aa
N
1
84
169
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 33-102 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767899.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 33 102 8.2e-11 42.1 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057911916.1
TGCTTTGGCCAATAGTTAATGTAGCAGTTGAACAAACCTCATACTAATCTGCAACTTAAGCCTAAGTCAAAATTAAATATCCCCTGTTTTATCATCTATGGAGAAAAACTATATGTTTTAGTCTCACATTCAACACCGTAACCAATATTCTCAGGTTCTATGATATTTTATAGTATCAAATACTAGCCACCGATGTTCCAATTCTCTAAACGCTTAGCACAAAAAGGAGTGAAAATCACATTGGTCGTCACACGCTACAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988144
ATGTTGCTAAGAAGTTTGGATTGGCTTGGGAGATGTGCTCCGAGATCCGTTGTTTACGTGTCGTTTGGTAGTATGGCGGAGTTGGGAGCGGAGCAGATGGAGGAATTGGCGGAGGGCTTGAGCCTAGTTAAAGGGTTGGTGGTGCAGTGGTGCCCGCAGTTGGAAGTGTTGGCGGACGGGACGGTGGGGTGCTTTGTCACGCACTGCAGCTGGAACTCCACGCTCGAGGCGTTGAGCTTGGGAGTGCCGCAGTGGAGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057767899.1
MLLRSLDWLGRCAPRSVVYVSFGSMAELGAEQMEELAEGLSQXVKGLVVQWCPQLEVLADGTVGCFVTHCSWNSTLEALSLGVPQWSDQTTNSKLVADVWRMGIRARPDRKGIVREEEIVRCVKHVMESEERGEMRTSAETWKRLAREAVGAGGTSDQNIEEFVASIAD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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