当前解析结果
SmilChr06G000596| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000596 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000596 |
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 74E1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 5129327 - 5130298 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130988144 |
|---|---|
| GeneID | 130988144 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988144 |
| 原始查询 | LOC130988144 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 74E1-like |
| 产物 | UDP-glycosyltransferase 74E1-like |
| Arabidopsis | AT1G05675 (AT1G05675)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:10723139] identity=49.5; qcov=1.12; evalue=1.02e-55; confidence=high |
| Rice | Os09g0518200 (OsSGT)- identity=50; qcov=1.14; evalue=3.47e-56; confidence=high |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988144 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057767899.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057767899.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057767899.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057767899.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057767899.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:5129775 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | C39,C87 |
Chr6:5129775 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | C39,C87 |
Chr6:5129790 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | C39,C87 |
Chr6:5129790 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | C39,C87 |
Chr6:5129806 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 14 | A10,B113,B132,B21,B42,B43,B50,B65,B78,B80,C14,C34,C54,C55 |
Chr6:5129837 |
CAG |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 8 | B108,B129,B138,B25,B61,C39,C56,C87 |
Chr6:5129871 |
A |
AGG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 149 | A11,A16,A18,A20,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B106,B109,B11,B110,B112,B114,B115,B12,B121,B122,B123,B125,B127,B128,B130,B135,B137,B139,B140,B15,B16,B17,B19,B2,B20,B22,B23,B26,B28,B3,B30,B31,B33,B38,B4,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B50,B52,B53,B54,B55,B56,B60,B62,B63,B64,B67,B68,B69,B70,B71,B72,B73,B75,B77,B78,B8,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B89,B90,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C13,C18,C19,C2,C20,C22,C24,C25,C26,C28,C29,C3,C30,C32,C33,C34,C37,C38,C4,C44,C46,C47,C48,C49,C51,C6,C60,C62,C65,C67,C68,C7,C72,C77,C78,C8,C82,C84,C85,C86,C9,D1,D10,D11,D3,D4,D7,D8,D9 |
Chr6:5129897 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 96 | A1,A10,A13,A14,A15,A23,A4,A8,A9,B101,B110,B117,B119,B120,B121,B122,B123,B127,B128,B130,B133,B134,B136,B16,B17,B18,B21,B27,B29,B3,B31,B34,B37,B4,B40,B46,B47,B49,B5,B53,B54,B56,B58,B59,B6,B66,B74,B75,B76,B79,B83,B85,B87,B88,B9,B90,B91,B96,C11,C13,C14,C18,C27,C28,C29,C31,C32,C35,C37,C42,C43,C44,C48,C50,C56,C59,C60,C61,C62,C64,C65,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C73,C74,C76,C78,C80,C81,C84,D6,D8 |
Chr6:5129919 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B113,B132 |
Chr6:5129923 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C16,C52 |
Chr6:5129946 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B70,B71,C62,D3 |
Chr6:5129966 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B37,B84,C17 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057767899.1PF00201
UDPGT 33-102 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057767899.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 33 | 102 | 8.2e-11 | 42.1 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。