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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000618`

染色体: Chr06 坐标: 5370691-5375335 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000618`
名称	SmilChr06G000618
描述	uncharacterized SmilChr06G000618
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	5370691 - 5375335 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988168`
GeneID	`130988168`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988168`
原始查询	`LOC130988168`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os02g0798600; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os02g0798600; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G45290` (AT5G45290) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834565] identity=56.1; qcov=0.262; evalue=6.25e-44; confidence=weak
Rice	`Os02g0798600` - identity=49.4; qcov=0.496; evalue=1.2e-65; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF13639 (zf-RING_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988168

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057767931.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057767932.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057767931.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767931.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767931.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:5371212`	`C`	`CAG`	2bp_insertion	frameshift_variant	60	A10,A14,A15,A18,A20,A8,B10,B103,B104,B105,B108,B114,B120,B125,B129,B131,B135,B138,B139,B16,B25,B26,B40,B41,B44,B45,B56,B61,B62,B65,B75,B83,B86,B89,B9,B95,B96,C1,C10,C13,C20,C22,C23,C24,C25,C29,C35,C39,C56,C59,C64,C65,C66,C71,C72,C73,C81,C87,D11,D6
`Chr6:5371230`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B61,B7,C42,C81
`Chr6:5371230`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B61,B7,C42,C81
`Chr6:5373247`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B104,C71,D11,D6
`Chr6:5373380`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr6:5374995`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767931.1

545 aa

272

545

zf-RING_11

zf-RING_2

zf-C3HC4

PF17123 zf-RING_11 477-505 aa PF13639 zf-RING_2 477-511 aa PF00097 zf-C3HC4 478-513 aa

XP_057767932.1

530 aa

265

530

zf-RING_11

zf-rbx1

zf-RING_2

zf-C3HC4

PF17123 zf-RING_11 477-505 aa PF12678 zf-rbx1 477-520 aa PF13639 zf-RING_2 477-520 aa PF00097 zf-C3HC4 478-519 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767931.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	477	505	9.2e-09	35.6	RING-like zinc finger
`XP_057767931.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	477	511	7.4e-10	39.7	Ring finger domain
`XP_057767931.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	478	513	1.9e-05	25.1	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057767932.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	477	505	5.1e-09	36.4	RING-like zinc finger
`XP_057767932.1`	Pfam	`PF12678`	zf-rbx1	Domain	477	520	3.8e-08	34.2	RING-H2 zinc finger domain
`XP_057767932.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	477	520	9.6e-13	48.9	Ring finger domain
`XP_057767932.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	478	519	1.3e-07	32.1	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911948.1
AAAAAAAATGAAAAACTCGAAATTAAGTCCACAGACCTCTCTCTCACCTCATCACACACAGAGAGACAGAGGCCTCCATTATTGCGATTATCATCACCATTTTTCTTCAGCCCTCATTCCTCGCCATTTCTTACAATGCATCGATATATGTAGCTCCTTTACAATCCCCACACCTTTCTCTCTCACACCCTCTCTTCCTCTCTCTCTCTCTCACACCTTTTTCTCTTTGGCTGGAGAGGAAGAGAAACGGAGAAGAATCA...

XM_057911949.1
AAAAATGAAAAACTCGAAATTAAGTCCACAGACCTCTCTCTCACCTCATCACACACAGAGAGACAGAGGCCTCCATTATTGCGATTATCATCACCATTTTTCTTCAGCCCTCATTCCTCGCCATTTCTTACAATGCATCGATATATGTAGCTCCTTTACAATCCCCACACCTTTCTCTCTCACACCCTCTCTTCCTCTCTCTCTCTCTCACACCTTTTTCTCTTTGGCTGGAGAGGAAGAGAAACGGAGAAGAATCACCG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130988168
ATGGGATCGGGTATCAGCCGAACGGGCTCGAGCTCCCATTCTCGGGCCGGCCCCCCCCGCCAAGTCCCTCGCCCCACCATGAGGCGCTCTATCTCCTCCGTCCTCATCTGCGGCGCCTCCTCCTCCTCCTCGCCCACCGAGATGGAAGATTATCCAGCTGAATTACTGGTAAATTCTGCAGAACATGGTCGTAGAAAGAAGTTGAAATTCCCAAGAAGAAATTCTGATTTGTCAGAGGGAAATGGAGATAACCTGATCAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057767931.1
MGSGISRTGSSSHSRAGPPRQVPRPTMRRSISSVLICGASSSSSPTEMEDYPAELLVNSAEHGRRKKLKFPRRNSDLSEGNGDNLISIKSESAVSSRRLLGAYENPILEVGSSNDDPSDRGKWLSESRELVPSRQSIDSSRCDGTASSSYGGQPSPVLVSENEMSSMDRMNGINCNMKGDASRIGQGFYNSSGVYRDALRESFLDEVSVENNVSEEIDYSSSDFGSSLVSDSPLDFHLLRDNIPQEATPLDLGFLVSERE...

XP_057767932.1
MGSGISRTGSSSHSRAGPPRQVPRPTMRRSISSVLICGASSSSSPTEMEDYPAELLVNSAEHGRRKKLKFPRRNSDLSEGNGDNLISIKSESAVSSRRLLGAYENPILEVGSSNDDPSDRGKWLSESRELVPSRQSIDSSRCDGTASSSYGGQPSPVLVSENEMSSMDRMNGINCNMKGDASRIGQGFYNSSGVYRDALRESFLDEVSVENNVSEEIDYSSSDFGSSLVSDSPLDFHLLRDNIPQEATPLDLGFLVSERE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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