Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000651`

染色体: Chr06 坐标: 5749010-5749962 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000651`
名称	SmilChr06G000651
描述	transcription termination factor MTERF9, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	5749010 - 5749962 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988196`
GeneID	`130988196`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988196`
原始查询	`LOC130988196`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription termination factor MTERF9, chloroplastic-like
产物	transcription termination factor MTERF9%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT5G07900` (AT5G07900) Mitochondrial transcription termination factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830684] identity=42.9; qcov=0.782; evalue=2.03e-31; confidence=medium
Rice	`Os05g0403600` - identity=35; qcov=1.05; evalue=2.39e-25; confidence=medium
GO	GO:0003690 (double-stranded DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009507 (chloroplast); GO:0009658 (chloroplast organization)
KEGG	-
Pfam	PF02536 (mTERF)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988196

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057767958.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057767958.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057767958.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767958.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767958.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:5749616`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B110,B15,B22,D1,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767958.1

188 aa

188

mTERF

PF02536 mTERF 85-181 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767958.1`	Pfam	`PF02536`	mTERF	Family	85	181	4.8e-14	52.7	mTERF

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057911975.1
TGGTAGGATATTCACTCATTTTTGTCTCTGAAAATGGGAGTTTGTTGTTTTGATTTCATTTATGAAAACTGAGTTAGTAGACATTCTTGTATTTTCTGAAAGCGGCTTATTTCTTGGAGGTGCATTAATTAAAGATTTATTTTTTATTCTATAAATCGCATTTTTTCTCTTGTCTTCACATATAACACCACTCTGTTTCCTTCTATGAAAGGCGAAACCCTTCTCGCAGCGGCGAATTTATAAACCTTGAAACAACTATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988196
ATGTTTGCAATTATCTGTAGAAGAGGAGTAATTAGGGTTCCGGGAAAAGATTCAATTTCTGTTGCCCTAAGATTCCTCGCGCATTTCTCCTGGGTGAACTCGTATTCAACTTCAGATGGCGGCGGCGGCGATGCTGGAGGCCAATCTTTGACCATCTCTTACCTCGTCGGCGCGTGTGGGCTGCCGGAGAAGGCCGCCGTCTCTGCATCAAAGAGTCTGTGCATCAAATCCCGAGAAAATCCAGCCGCGGTGTTGGAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057767958.1
MFAIICRRGVIRVPGKDSISVALRFLAHFSWVNSYSTSDGGGGDAGGQSLTISYLVGACGLPEKAAVSASKSLCIKSRENPAAVLELLKDYGFTDSQISRIVSRWPRVLQCSPDKTLMPKLEFFRSIGVPDCIAAQRLSVFPRILQRSLRNHLIPSYNYLKVWVRSEERVAIVFKRAPLAFSSGWSPC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器