Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000678`

染色体: Chr06 坐标: 5987572-5990827 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000678`
名称	SmilChr06G000678
描述	actin-related protein 2/3 complex subunit 3
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	5987572 - 5990827 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988224`
GeneID	`130988224`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988224`
原始查询	`LOC130988224`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	actin-related protein 2/3 complex subunit 3
产物	actin-related protein 2/3 complex subunit 3
Arabidopsis	`AT1G60430` (ARPC3) actin-related protein C3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842338] identity=89.6; qcov=0.994; evalue=4.1e-115; confidence=high
Rice	`Os02g0235000` - identity=83; qcov=0.741; evalue=9.86e-76; confidence=high
GO	GO:0005856 (cytoskeleton); GO:0005885 (Arp2/3 protein complex); GO:0030833 (regulation of actin filament polymerization); GO:0034314 (Arp2/3 complex-mediated actin nucleation); GO:0051015 (actin filament binding)
KEGG	smil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04517 (IgSF CAM signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04519 (Cadherin signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil05100 (Bacterial invasion of epithelial cells - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04062 (P21-Arc)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988224

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057767992.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057767992.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057767992.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057767992.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057767992.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:5988521`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B62,B7,C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767992.1

174 aa

174

P21-Arc

PF04062 P21-Arc 2-170 aa

XP_057767993.1

174 aa

174

P21-Arc

PF04062 P21-Arc 2-170 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057767992.1`	Pfam	`PF04062`	P21-Arc	Family	2	170	2.8e-63	213.9	ARP2/3 complex ARPC3 (21 kDa) subunit
`XP_057767993.1`	Pfam	`PF04062`	P21-Arc	Family	2	170	2.8e-63	213.9	ARP2/3 complex ARPC3 (21 kDa) subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912010.1
TATAGTTTTCCCTTTTTTTTTTTTGTCCTCTCCTTCATTGCTACATCTCTCCGTTCTTCTTCTCTCATCCTCTCCCCCTCACCGGTTCTCTCTCCCCAAAATACAGATCAGGATATCTCTCTGCCTCTTTCCTTCTTGCTCTCGCCGCCTCCCCTCCCTTCATAAGATCCGGCGTCTCTTCGCCGTCGACCACCACCACGACCACCCTCATCTCTCTATCCAATTTTTCTCTTTCACAACCCCGACCCCTTGTTCTCTCT...

XM_057912009.1
CAACGCCCAATTTCCGTTATTGCAGGTATAATGCTTTGGCAGGCTTCGGGTTTGTGACTCGGGAGTACAAGAACTATACACATTGGAGTGACATGGTTTACCACTCCAGTTTCGTTGACATTGAAGACATTACTAAAGCATGTGGTTGCCCTCTACTTCCCCTAAAAAGCCACATTAAAGGACCGGCTCCAGTCTCAGAACAAGATTGCACTGATATTGTGGATGAAGCAATTACATTCTTTCGTGCCAATGTCTTTTTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130988224
ATGGTTTACCACTCCAGTTTCGTTGACATTGAAGACATTACTAAAGCATGTGGTTGCCCTCTACTTCCCCTAAAAAGCCACATTAAAGGACCGGCTCCAGTCTCAGAACAAGATTGCACTGATATTGTGGATGAAGCAATTACATTCTTTCGTGCCAATGTCTTTTTCAGAAACTTTGACATCAAGAGTTTAGCTGATAAGCTTCTTATCTACTTAACATTCTACATAAATCTTGCTCTGAAGAGGCTAGAAGGCTGTCG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057767992.1
MVYHSSFVDIEDITKACGCPLLPLKSHIKGPAPVSEQDCTDIVDEAITFFRANVFFRNFDIKSLADKLLIYLTFYINLALKRLEGCRTLAEGTKAIINLGLEKVPVPGEHGFPFPGLFSQPQSNEEAELFRNYLKQIREETSGRLLSVAYRSNGTPNKWWLAFAKRKFMNVITP

XP_057767993.1
MVYHSSFVDIEDITKACGCPLLPLKSHIKGPAPVSEQDCTDIVDEAITFFRANVFFRNFDIKSLADKLLIYLTFYINLALKRLEGCRTLAEGTKAIINLGLEKVPVPGEHGFPFPGLFSQPQSNEEAELFRNYLKQIREETSGRLLSVAYRSNGTPNKWWLAFAKRKFMNVITP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器