Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000681

染色体: Chr06 坐标: 6029762-6034777 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000681
名称SmilChr06G000681
描述bifunctional purple acid phosphatase 26-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向6029762 - 6034777 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988228
GeneID130988228
locus_tag-
NCBI NameLOC130988228
原始查询LOC130988228

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述bifunctional purple acid phosphatase 26-like
产物bifunctional purple acid phosphatase 26-like
ArabidopsisAT5G34850 (PAP26)
purple acid phosphatase 26 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833406]
identity=73.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0643900 (OsPAP26)
-
identity=72.2; qcov=0.961; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003993 (acid phosphatase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
PfamPF00149 (Metallophos); PF14008 (Metallophos_C); PF16656 (Pur_ac_phosph_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988228

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057767995.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057767996.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057767995.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057767995.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057767995.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:6031155 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,B7
Chr6:6031947 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,B7
Chr6:6032683 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B70,B71,C62,C83
Chr6:6032744 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr6:6032786 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057767995.1
480 aa
N
1
240
480
Pur_ac_phosph_N
Metallophos
Metallophos_C
C
PF16656 Pur_ac_phosph_N 73-164 aa PF00149 Metallophos 175-372 aa PF14008 Metallophos_C 395-453 aa
XP_057767996.1
460 aa
N
1
230
460
Pur_ac_phosph_N
Metallophos
Metallophos_C
C
PF16656 Pur_ac_phosph_N 53-144 aa PF00149 Metallophos 155-352 aa PF14008 Metallophos_C 375-433 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057767995.1 Pfam PF16656 Pur_ac_phosph_N Domain 73 164 3.7e-24 85.8 Purple acid Phosphatase, N-terminal domain
XP_057767995.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 175 372 2.1e-20 74.7 Calcineurin-like phosphoesterase
XP_057767995.1 Pfam PF14008 Metallophos_C Domain 395 453 4.2e-20 72.9 Iron/zinc purple acid phosphatase-like protein C
XP_057767996.1 Pfam PF16656 Pur_ac_phosph_N Domain 53 144 3.4e-24 86.0 Purple acid Phosphatase, N-terminal domain
XP_057767996.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 155 352 1.9e-20 74.9 Calcineurin-like phosphoesterase
XP_057767996.1 Pfam PF14008 Metallophos_C Domain 375 433 3.9e-20 73.0 Iron/zinc purple acid phosphatase-like protein C

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912013.1
AAAAAAAAATGGACACAAAAATCGGCGGCCTTCGAGTGTAGATTCTGACTGAAGATGGGCAGACATTTCTCCCCGTCCGCTACACCAATGGCGACGCGACAAGTGTCCAGCTCCCCCCCTCCCTGCCCCCGCCTCATTCGAGCCTCCGCTTCCGTCAAGCCTAGTTCTAACATGCGCCTGGTCACATCGCCTACCAAACCTGCGCCTTTTTCAAATATACACTCTCTCTAATTCAAAGCAAACACTGCCTTCGCGTGCAA...
XM_057912012.1
ATGCTGCATTCTTCTTCACTGTGTGTATTTATTCACACAATACCTGCGTGCGATCAGAGAAGTTCTGTTCAGTTCTGTTCTGTAGTGAGATCAATTCTGTGTTAATGTTAATGAGTAATGGATGCATCTTGTGATGAGCGTGTGCGGTTGCAATTTTATTTTCAGGGGAAAGAGTCGATGGTGATTAAACTGCTGCTTTTGTCATCTCTTTTGTTGACCAGCATAAGCAGTGGGCGTGCTGGTCTGACCAGTGCCTTTAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130988228
ATGGATGCATCTTGTGATGAGCGTGTGCGGTTGCAATTTTATTTTCAGGGGAAAGAGTCGATGGTGATTAAACTGCTGCTTTTGTCATCTCTTTTGTTGACCAGCATAAGCAGTGGGCGTGCTGGTCTGACCAGTGCCTTTATCCGTAATGAGTGGCCATCTATCGATATTCCTCTCAACAATGAAGTTTTTGCAGTTCCCAAAGGTTACAATGCTCCACACCAAGTGCACATTACACAGGGTGACTATGATGGCAAAGC...
LOC130988228
ATGGTGATTAAACTGCTGCTTTTGTCATCTCTTTTGTTGACCAGCATAAGCAGTGGGCGTGCTGGTCTGACCAGTGCCTTTATCCGTAATGAGTGGCCATCTATCGATATTCCTCTCAACAATGAAGTTTTTGCAGTTCCCAAAGGTTACAATGCTCCACACCAAGTGCACATTACACAGGGTGACTATGATGGCAAAGCTGTTATAATCACATGGGTAACAGCTAATGAACCTGGGTCCAACATAGTTCGATATGGCTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057767995.1
MDASCDERVRLQFYFQGKESMVIKLLLLSSLLLTSISSGRAGLTSAFIRNEWPSIDIPLNNEVFAVPKGYNAPHQVHITQGDYDGKAVIITWVTANEPGSNIVRYGLTEGKYDFTAKGTVQNYTFYNYKSGYIHQCLVDGLQYNTKYYYEVGSGETSRNFSFQTPPAIDPNSSYKFGIIGDLGQTYNSLSTLEHCMQTGAQTILFVGDLSYADRYDNHDIGVRWDSWGQFVERSAAYHPWIWSTGNHEIEYFPHLGEVIP...
XP_057767996.1
MVIKLLLLSSLLLTSISSGRAGLTSAFIRNEWPSIDIPLNNEVFAVPKGYNAPHQVHITQGDYDGKAVIITWVTANEPGSNIVRYGLTEGKYDFTAKGTVQNYTFYNYKSGYIHQCLVDGLQYNTKYYYEVGSGETSRNFSFQTPPAIDPNSSYKFGIIGDLGQTYNSLSTLEHCMQTGAQTILFVGDLSYADRYDNHDIGVRWDSWGQFVERSAAYHPWIWSTGNHEIEYFPHLGEVIPFKNYLHRYPTPFSASKSSSP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器