当前解析结果
SmilChr06G000687| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000687 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000687 |
| 描述 | heptahelical transmembrane protein 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 6075117 - 6077611 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130988234 |
|---|---|
| GeneID | 130988234 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988234 |
| 原始查询 | LOC130988234 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heptahelical transmembrane protein 1-like |
| 产物 | heptahelical transmembrane protein 1-like |
| Arabidopsis | AT5G20270 (HHP1)heptahelical transmembrane protein1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832149] identity=52.4; qcov=0.928; evalue=5.05e-126; confidence=high |
| Rice | Os06g0643700 (ADIPOR1)- identity=57; qcov=0.872; evalue=6.82e-115; confidence=high |
| GO | GO:0009725 (response to hormone); GO:0016020 (membrane); GO:0038023 (signaling receptor activity) |
| KEGG | smil04081 (Hormone signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF03006 (HlyIII) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988234 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057768007.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057768007.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057768007.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057768007.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057768007.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:6076891 |
G |
GAC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 16 | A24,B12,B16,B35,B46,B52,B62,B72,B84,C2,C25,C29,C32,C52,C53,C68 |
Chr6:6077040 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B110,B4,C21,C37,C74 |
Chr6:6077070 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B100,B80 |
Chr6:6077115 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C56 |
Chr6:6077205 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr6:6077300 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B23 |
Chr6:6077300 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B23 |
Chr6:6077302 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B23 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768007.1PF03006
HlyIII 92-357 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768007.1 |
Pfam | PF03006 |
HlyIII | Family | 92 | 357 | 3.7e-64 | 217.2 | Haemolysin-III related |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。