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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000752

染色体: Chr06 坐标: 6973567-6974362 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000752
名称SmilChr06G000752
描述transcription repressor OFP8-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向6973567 - 6974362 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988300
GeneID130988300
locus_tag-
NCBI NameLOC130988300
原始查询LOC130988300

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription repressor OFP8-like
产物transcription repressor OFP8-like
ArabidopsisAT5G19650 (OFP8)
ovate family protein 8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832085]
identity=36.4; qcov=1.13; evalue=2.18e-25; confidence=medium
RiceOs02g0679700 (OsOFP6)
-
identity=51.9; qcov=0.415; evalue=5.64e-22; confidence=low
GOGO:0045892 (negative regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF04844 (Ovate)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988300

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057768094.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057768094.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057768094.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057768094.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768094.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:6973888 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,C18
Chr6:6973991 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr6:6974152 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B112
Chr6:6974152 T TC 1bp_insertion CDS_variant 1 B112
Chr6:6974178 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 4 C42,C64,C66,C85
Chr6:6974178 G GA 1bp_insertion CDS_variant 4 C42,C64,C66,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768094.1
195 aa
N
1
98
195
Ovate
C
PF04844 Ovate 128-184 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768094.1 Pfam PF04844 Ovate Family 128 184 5.5e-26 91.1 Transcriptional repressor, ovate

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912111.1
CAACCCACAAAATATATATGCACGTACATTAGTGGCAAGAAACAAATTCAAACACCACCACCAGCAGCATGGCGGAGAACCGCCTCAAAATCCGTATCCGGTGCATTCTCCGGTCATGCAAATCGAAAGAGCAAATCTCCGACGTGATTCCGACCCACCACCCATTGTTGATAACCCAGAAACTCCCTCTCCTCTCTCCCGCCGACGTGAATGGTCGGAAATGCCCCCCGGCCTCCCCCATCATCTCCCCTCTCAACAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130988300
ATGGCGGAGAACCGCCTCAAAATCCGTATCCGGTGCATTCTCCGGTCATGCAAATCGAAAGAGCAAATCTCCGACGTGATTCCGACCCACCACCCATTGTTGATAACCCAGAAACTCCCTCTCCTCTCTCCCGCCGACGTGAATGGTCGGAAATGCCCCCCGGCCTCCCCCATCATCTCCCCTCTCAACAATTTCCCCAAATACAAGAAAAAACCCAAGCCCAACAAAAGAGGCCGCTCCTCCAAAAACAAGTGCGCTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057768094.1
MAENRLKIRIRCILRSCKSKEQISDVIPTHHPLLITQKLPLLSPADVNGRKCPPASPIISPLNNFPKYKKKPKPNKRGRSSKNKCAFQHRFPDCNYVNGLFSSDDDEEEEEDKWRAAVEDSLAVVKRSSDPYSDFRNSMVEMIVEKHIFATKDLENLLRCFLSLNSYHHHKVIVEVFAEIWEAFFSCDHHFPNFK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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