当前解析结果
SmilChr06G000752| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000752 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000752 |
| 描述 | transcription repressor OFP8-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 6973567 - 6974362 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130988300 |
|---|---|
| GeneID | 130988300 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988300 |
| 原始查询 | LOC130988300 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription repressor OFP8-like |
| 产物 | transcription repressor OFP8-like |
| Arabidopsis | AT5G19650 (OFP8)ovate family protein 8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832085] identity=36.4; qcov=1.13; evalue=2.18e-25; confidence=medium |
| Rice | Os02g0679700 (OsOFP6)- identity=51.9; qcov=0.415; evalue=5.64e-22; confidence=low |
| GO | GO:0045892 (negative regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04844 (Ovate) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988300 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057768094.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057768094.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057768094.1 |
| 4 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057768094.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057768094.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:6973888 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B52,C18 |
Chr6:6973991 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr6:6974152 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B112 |
Chr6:6974152 |
T |
TC |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B112 |
Chr6:6974178 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 4 | C42,C64,C66,C85 |
Chr6:6974178 |
G |
GA |
1bp_insertion | CDS_variant | 4 | C42,C64,C66,C85 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768094.1PF04844
Ovate 128-184 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768094.1 |
Pfam | PF04844 |
Ovate | Family | 128 | 184 | 5.5e-26 | 91.1 | Transcriptional repressor, ovate |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。