当前解析结果
SmilChr06G000765| 统一新 Gene ID | SmilChr06G000765 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G000765 |
| 描述 | probable sulfate transporter 3.5 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 7124395 - 7128056 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130988311 |
|---|---|
| GeneID | 130988311 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130988311 |
| 原始查询 | LOC130988311 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable sulfate transporter 3.5 |
| 产物 | probable sulfate transporter 3.5 |
| Arabidopsis | AT5G19600 (SULTR3;5)sulfate transporter 3;5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832080] identity=63.2; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0719300 (OsSultr3)- identity=58.5; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0008271 (secondary active sulfate transmembrane transporter activity); GO:0008272 (GO:0008272); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00916 (Sulfate_transp); PF01740 (STAS) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130988311 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057768107.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057768107.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057768107.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057768107.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057768107.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:7124964 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C18 |
Chr6:7125221 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr6:7125269 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C58 |
Chr6:7125425 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B32,C42 |
Chr6:7125751 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D2 |
Chr6:7126608 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
Chr6:7127304 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr6:7127453 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr6:7127622 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B86 |
Chr6:7127622 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B86 |
Chr6:7127844 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C16,C52 |
Chr6:7127851 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C63 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057768107.1PF00916
Sulfate_transp 70-447 aa
PF01740
STAS 499-611 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057768107.1 |
Pfam | PF00916 |
Sulfate_transp | Family | 70 | 447 | 1e-122 | 410.3 | Sulfate permease family |
XP_057768107.1 |
Pfam | PF01740 |
STAS | Domain | 499 | 611 | 8.2e-21 | 74.5 | STAS domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。