Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G000787`

染色体: Chr06 坐标: 7392134-7394823 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G000787`
名称	SmilChr06G000787
描述	tyrosine-sulfated glycopeptide receptor 1-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	7392134 - 7394823 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988331`
GeneID	`130988331`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988331`
原始查询	`LOC130988331`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tyrosine-sulfated glycopeptide receptor 1-like
产物	tyrosine-sulfated glycopeptide receptor 1-like
Arabidopsis	`AT1G72300` (PSY1R) Leucine-rich receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843562] identity=49.6; qcov=0.944; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0153400` (LRK6) - identity=44.6; qcov=0.95; evalue=1.88e-170; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988331

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057768129.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057768129.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768129.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057768129.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057768129.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:7392473`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:7392492`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C1,C58,C64,C66
`Chr6:7392604`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,C1,C58,C64,C66
`Chr6:7392636`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr6:7392718`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:7392793`	`C`	`CGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	109	A1,A10,A2,A21,A22,A24,A25,A5,A7,B1,B100,B104,B105,B106,B108,B109,B11,B110,B112,B113,B117,B119,B123,B124,B125,B128,B129,B132,B133,B134,B136,B137,B138,B32,B36,B37,B4,B40,B41,B42,B43,B5,B50,B52,B61,B64,B65,B66,B68,B7,B70,B71,B72,B73,B76,B79,B81,B85,B89,B90,B91,B92,B94,B98,C12,C14,C17,C19,C2,C21,C23,C26,C27,C3,C30,C31,C32,C36,C37,C39,C40,C42,C45,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C53,C54,C56,C6,C60,C62,C65,C68,C70,C71,C72,C73,C74,C79,C80,C85,C87,D3,D4,D6
`Chr6:7392857`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B35,C16,C52
`Chr6:7392893`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	A11,A14,B131,B4,B47,B77,C13,C59,C60,D1
`Chr6:7392970`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A14,B119
`Chr6:7393137`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B101
`Chr6:7393192`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr6:7393731`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768129.1

727 aa

364

727

LRRNT_2

LRR_8

LRR_1

LRR_8

LRR_1

LRR_8

LRR_1

PF08263 LRRNT_2 57-81 aa PF13855 LRR_8 86-146 aa PF00560 LRR_1 110-128 aa PF00560 LRR_1 135-158 aa PF00560 LRR_1 179-199 aa PF00560 LRR_1 276-298 aa PF00560 LRR_1 350-371 aa PF13855 LRR_8 452-511 aa PF00560 LRR_1 476-497 aa PF00560 LRR_1 586-606 aa PF13855 LRR_8 586-643 aa PF00560 LRR_1 608-630 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768129.1`	Pfam	`PF08263`	LRRNT_2	Family	57	81	0.00016	22.6	Leucine rich repeat N-terminal domain
`XP_057768129.1`	Pfam	`PF13855`	LRR_8	Repeat	86	146	4.7e-37	126.3	Leucine rich repeat
`XP_057768129.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	110	128	3.6e-42	133.9	Leucine Rich Repeat
`XP_057768129.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	135	158	3.6e-42	133.9	Leucine Rich Repeat
`XP_057768129.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	179	199	3.6e-42	133.9	Leucine Rich Repeat
`XP_057768129.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	276	298	3.6e-42	133.9	Leucine Rich Repeat
`XP_057768129.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	350	371	3.6e-42	133.9	Leucine Rich Repeat
`XP_057768129.1`	Pfam	`PF13855`	LRR_8	Repeat	452	511	4.7e-37	126.3	Leucine rich repeat
`XP_057768129.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	476	497	3.6e-42	133.9	Leucine Rich Repeat
`XP_057768129.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	586	606	3.6e-42	133.9	Leucine Rich Repeat
`XP_057768129.1`	Pfam	`PF13855`	LRR_8	Repeat	586	643	4.7e-37	126.3	Leucine rich repeat
`XP_057768129.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	608	630	3.6e-42	133.9	Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912146.1
TCGCATGCATCATTTAGCTAGTCAACCAGAAGAGAAATCTCCCTATATAGACCTATTCTTAATAAACAATTACTATTACAAGAAGGCTCGCACTCAACTGCTCCCTCTCTTAAATCAAAGACCATAACCAAAAACAAAGTCCACGCATCCTCTCTCTCTCCACCTTTGTGATGTTGGTTTCTGATAGTGGTTGAAGAAACCAAGTGCAGTGAAGCAGCGATGCTTCTGAGTAGTCCCCCTTCTTCCTTCTCATCAAACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988331
ATGCTTCTGAGTAGTCCCCCTTCTTCCTTCTCATCAAACAAGCAAAACCATGGCGCTGTATCTTTCCATTCTCAAATAACCTTACTCATAATAACAACTTGCTTTGTGCATAACGGCGACGCCTCATGCAGTATACTTGGCCATGATTCTTTATCATCATTTAACATGAGCATCTCTGCTGCACCGCCCTTGAACTGGTCTGCATCACTAGACTGTTGCAGCTGGGAAGGAGTCGGCTGTGATAATCATTCGGGCAACGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768129.1
MLLSSPPSSFSSNKQNHGAVSFHSQITLLIITTCFVHNGDASCSILGHDSLSSFNMSISAAPPLNWSASLDCCSWEGVGCDNHSGNVTTLWLPSRKLSGIIPPAFLNLTSLSRLNLSHNHLSGPLPHRLFASFPNLQFVDLSFNRLXSDTLPTSIHTLNIASNSFHGTIPSSFLQPAFNLKFFDVSNNSLSGSIPSFICASSSSIQRLDFSNNDFAGPITRGFGNCSYLQSLRAGFNALSGEIPLDIYKLLTLQELFLPG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器