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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000816

染色体: Chr06 坐标: 7680300-7689166 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000816
名称SmilChr06G000816
描述uncharacterized SmilChr06G000816
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向7680300 - 7689166 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988352
GeneID130988352
locus_tag-
NCBI NameLOC130988352
原始查询LOC130988352

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Biotin/lipoate A/B protein ligase family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822541]; symbol=AT3G29010; hit=AT3G29010; species=arabidopsis; confidence=high
产物Biotin/lipoate A/B protein ligase family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822541]; symbol=AT3G29010; hit=AT3G29010; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G29010 (AT3G29010)
Biotin/lipoate A/B protein ligase family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822541]
identity=66.8; qcov=0.913; evalue=5.25e-99; confidence=high
RiceOs08g0435800 (OsLPLA)
-
identity=66.7; qcov=0.851; evalue=3.43e-90; confidence=high
GOGO:0005739 (mitochondrion); GO:0036211 (protein modification process)
KEGG-
PfamPF21948 (LplA-B_cat)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988352

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057768143.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 1.00000 XP_057768143.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768143.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768143.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768143.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:7686652 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr6:7686679 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,B72
Chr6:7686697 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B10,B113,B24,C30
Chr6:7686706 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,B56,B96,C85
Chr6:7686751 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B23,B78,C61,D3
Chr6:7687433 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:7687773 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr6:7688601 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B82,C42
Chr6:7688648 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,C61,D3
Chr6:7688702 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,D7
Chr6:7688724 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,C54,C60
Chr6:7688754 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768143.1
266 aa
N
1
133
266
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 25-221 aa
XP_057768144.1
266 aa
N
1
133
266
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 25-221 aa
XP_057768145.1
266 aa
N
1
133
266
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 25-221 aa
XP_057768146.1
266 aa
N
1
133
266
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 25-221 aa
XP_057768147.1
208 aa
N
1
104
208
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 25-194 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768143.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 25 221 3.5e-28 99.6 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057768144.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 25 221 3.5e-28 99.6 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057768145.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 25 221 3.5e-28 99.6 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057768146.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 25 221 3.5e-28 99.6 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057768147.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 25 194 9.1e-28 98.3 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912160.1
CACTGAAAAGCAGGACGCCATTTCTTCCCGTTGATTTCTCGCTCCCTGCTGCCTGCTTCGATCTTGTTATCCTTATTCAGATCAACTTATAGTTGTGCAGCCGTCAGACTTTGTTGTCATATTCACTTGATTTTGCTGAAAGATTAACAGTTTTATGTTACCATCTCTCACGTCAATCCTAAATCTTCACCTTTCATACGCACTCTCAGTTTCGCCACCTCCACCACTATAAGAACCAATTTGGCGCCGGCAATCGGCTG...
XM_057912164.1
CACTGAAAAGCAGGACGCCATTTCTTCCCGTTGATTTCTCGCTCCCTGCTGCCTGCTTCGATCTTGTTATCCTTATTCAGATCAACTTATAGTTGTGCAGCCGTCAGACTTTGTTGTCATATTCACTTGATTTTGCTGAAAGATTAACAGTTTTATGTTACCATCTCTCACGTCAATCCTAAATCTTCACCTTTCATACGCACTCTCAGTTTCGCCACCTCCACCACTATAAGAACCAATTTGGCGCCGGCAATCGGCTG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130988352
ATGGCGGCATCTCAGGCAAGAAACGCTGGGCTGCCGATGATCAATCTTCTCCGGTTGAAAGGAGTGTCCATTTTGCAGCAATTGCATTTGGAAGAGAGGCTGCTGCGGACTTCGTCTGAAAACTGGTGCATCATCAACGACGGAACAACCTGCCCCACCATCGTCATGGGTGTTTCAGGGAAACCTAAGGAACTTCTTGAAACTGATGCTGTTCTAAGAGATGAAATTCCAGTCATCCGAAGGTTTACAGGAGGTGGTAC...
LOC130988352
ATGGCGGCATCTCAGGCAAGAAACGCTGGGCTGCCGATGATCAATCTTCTCCGGTTGAAAGGAGTGTCCATTTTGCAGCAATTGCATTTGGAAGAGAGGCTGCTGCGGACTTCGTCTGAAAACTGGTGCATCATCAACGACGGAACAACCTGCCCCACCATCGTCATGGGTGTTTCAGGGAAACCTAAGGAACTTCTTGAAACTGATGCTGTTCTAAGAGATGAAATTCCAGTCATCCGAAGGTTTACAGGAGGTGGTAC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057768143.1
MAASQARNAGLPMINLLRLKGVSILQQLHLEERLLRTSSENWCIINDGTTCPTIVMGVSGKPKELLETDAVLRDEIPVIRRFTGGGTVIVDQGTIFVSFICNKDAITGLQSYPRPIMSWSSLIYKNMFQGIGEFGLRENDYVLGNRKFGGNAQSITKNRWVHHTSFLWDYEVGNMGYLKMPTRVPEYRQARNHVEFICRLKEFMSRSDFINGTTDAVAAYFALRSPDADDIQNHSSQFEPSSKLLTRQELGDEASIDLVG...
XP_057768144.1
MAASQARNAGLPMINLLRLKGVSILQQLHLEERLLRTSSENWCIINDGTTCPTIVMGVSGKPKELLETDAVLRDEIPVIRRFTGGGTVIVDQGTIFVSFICNKDAITGLQSYPRPIMSWSSLIYKNMFQGIGEFGLRENDYVLGNRKFGGNAQSITKNRWVHHTSFLWDYEVGNMGYLKMPTRVPEYRQARNHVEFICRLKEFMSRSDFINGTTDAVAAYFALRSPDADDIQNHSSQFEPSSKLLTRQELGDEASIDLVG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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