Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002941`

染色体: Chr01 坐标: 48189836-48193856 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002941`
名称	SmilChr01G002941
描述	serine/threonine-protein kinase STY13-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	48189836 - 48193856 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130988353`
GeneID	`130988353`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130988353`
原始查询	`LOC130988353`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	serine/threonine-protein kinase STY13-like
产物	serine/threonine-protein kinase STY13-like
Arabidopsis	`AT2G24360` (AT2G24360) Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816972] identity=79.6; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0608900` (OsDPK4) - identity=79.4; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130988353

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057768152.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057768152.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057768152.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057768152.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057768152.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:48191223`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B130
`Chr1:48193419`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B40,B84
`Chr1:48193474`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B5
`Chr1:48193474`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B5
`Chr1:48193476`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B5
`Chr1:48193491`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,C40
`Chr1:48193494`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr1:48193551`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B40,B84
`Chr1:48193563`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B18,B37,C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768152.1

409 aa

204

409

PK_Tyr_Ser-Thr

Pkinase

PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 133-382 aa PF00069 Pkinase 136-380 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057768152.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	133	382	2.1e-67	227.9	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057768152.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	136	380	5.2e-55	187.4	Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057912169.1
CGGGGCCACACGCTCGTTAGACCGGCGCGTGTATGCAACTATGTATTCCACTTTGTCTTAAGATGTGCGGCTACGATGAGGCCAGCCGCCACGCGGCAGCGGTATTACGCAAACGCTCCGTGCGAGCGGTTGCACTGGATAGCTACTCATTTAATTAGCGCAATAGTAAATTAAATAAAAAAAGAAAAATGGGAAAAAAGGAAAGAGAAAGGAGACGAAGACTAGAGAAACTCTGCTCATACTTCCATTCATTTACATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130988353
ATGTTGGAGGGTCCCAAGTTTACTGGAATTGTAGGCCTAAACAATAATCATGATAATTATGTCATGCATTTTTATCACAAGCTCAATGAGGGATCAAATATGTCGACCGAAAGTTATGGGAGCTTGCAGATGAGCAATGGTGGAGGCTCTGTTGCGATGTCAGTAGACAACAGCAGTGTGGGGTCAAACGATTCCCACACTCGTATCTTGGGTCACAACGGCCTCAGGCATGTCAAAGACTATTCTGTCGCTGCCAGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057768152.1
MLEGPKFTGIVGLNNNHDNYVMHFYHKLNEGSNMSTESYGSLQMSNGGGSVAMSVDNSSVGSNDSHTRILGHNGLRHVKDYSVAASVNHGRVSQGLSDDALAQALLDPRYPTEGLGNYDEWTIDLRKLNMGPAFAQGAFGKLYKGTYNGEDVAIKLLERPENDAERAHLMEQQFQQEVMMLATLKHPNIVRFIGACRKPMVWCIVTEYAKGGSVRQFLTKRQNRSVPLKLAVKQALDVARGMAYVHGLNLIHRDLKSDNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器