Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000815

染色体: Chr06 坐标: 7680156-7714302 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000815
名称SmilChr06G000815
描述uncharacterized SmilChr06G000815
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向7680156 - 7714302 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130988355
GeneID130988355
locus_tag-
NCBI NameLOC130988355
原始查询LOC130988355

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Biotin/lipoate A/B protein ligase family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822541]; symbol=AT3G29010; hit=AT3G29010; species=arabidopsis; confidence=high
产物Biotin/lipoate A/B protein ligase family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822541]; symbol=AT3G29010; hit=AT3G29010; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G29010 (AT3G29010)
Biotin/lipoate A/B protein ligase family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822541]
identity=67.4; qcov=0.913; evalue=1.92e-99; confidence=high
RiceOs08g0435800 (OsLPLA)
-
identity=66.7; qcov=0.851; evalue=1.71e-90; confidence=high
GOGO:0005739 (mitochondrion); GO:0036211 (protein modification process)
KEGG-
PfamPF21948 (LplA-B_cat)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130988355

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057768151.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 1.00000 XP_057768151.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057768151.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057768151.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057768151.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:7711820 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr6:7711846 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:7711861 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,B93
Chr6:7711872 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B32,B50
Chr6:7711918 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr6:7711928 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,B9
Chr6:7711934 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 2 B139,B64
Chr6:7711934 A AC 1bp_insertion CDS_variant 2 B139,B64
Chr6:7711940 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 A10,B57,C43,C83
Chr6:7711940 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B57,C43,C83
Chr6:7711967 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:7711977 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B111,B3,B59,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057768151.1
266 aa
N
1
133
266
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 25-221 aa
XP_057768153.1
266 aa
N
1
133
266
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 25-221 aa
XP_057768154.1
266 aa
N
1
133
266
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 25-221 aa
XP_057768155.1
266 aa
N
1
133
266
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 25-221 aa
XP_057768156.1
266 aa
N
1
133
266
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 25-221 aa
XP_057768157.1
266 aa
N
1
133
266
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 25-221 aa
XP_057768158.1
266 aa
N
1
133
266
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 25-221 aa
XP_057768159.1
266 aa
N
1
133
266
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 25-221 aa
XP_057768160.1
266 aa
N
1
133
266
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 25-221 aa
XP_057768161.1
266 aa
N
1
133
266
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 25-221 aa
XP_057768162.1
208 aa
N
1
104
208
LplA-B_cat
C
PF21948 LplA-B_cat 25-194 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057768151.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 25 221 2.2e-28 100.3 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057768153.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 25 221 2.2e-28 100.3 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057768154.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 25 221 2.2e-28 100.3 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057768155.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 25 221 2.2e-28 100.3 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057768156.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 25 221 2.2e-28 100.3 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057768157.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 25 221 2.2e-28 100.3 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057768158.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 25 221 2.2e-28 100.3 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057768159.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 25 221 2.2e-28 100.3 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057768160.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 25 221 2.2e-28 100.3 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057768161.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 25 221 2.2e-28 100.3 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain
XP_057768162.1 Pfam PF21948 LplA-B_cat Domain 25 194 5.8e-28 98.9 Lipoyl protein ligase A/B catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

11 records

下载 cDNA FASTA
XM_057912177.1
GCTCCCACCGGTTGCACCTACGCCGGCTCCGGTTGCTTCCTCCGTCATAGAAATCAGATCAACTTATAGTTGTGCAGCCGTCAGACTTTGTTGTCATATTCACTTGATTTTGCTGAAAGAACCAATTTGGCGCCGGCAATCGGCTGTTCCGACCGCAAAAACCTCCGTTTTCTAGTATTCATGGCGGCATCTCAGGCAAGAAACGCTGGGCTGCCGATAATCAATCTTCTCCGGTTGAAAGGAGTGTCCATTTTGCAACA...
XM_057912168.1
TCTTCCCGTTGATTTCTCGCTCCCTGCTGCCTGCTTCGATCTTGTTATCCTTATTCAGATCAACTTATAGTTGTGCAGCCGTCAGACTTTGTTGTCATATTCACTTGATTTTGCTGAAAGAACCAATTTGGCGCCGGCAATCGGCTGTTCCGACCGCAAAAACCTCCGTTTTCTAGTATTCATGGCGGCATCTCAGGCAAGAAACGCTGGGCTGCCGATAATCAATCTTCTCCGGTTGAAAGGAGTGTCCATTTTGCAAC...

CDS

11 records

下载 CDS FASTA
LOC130988355
ATGGCGGCATCTCAGGCAAGAAACGCTGGGCTGCCGATAATCAATCTTCTCCGGTTGAAAGGAGTGTCCATTTTGCAACAATTGCATTTGGAAGAGAGGCTGCTGCGGACTTCGTCTGAAAACTGGTGCATCATCAACGACGGAACAACCCGCCCCACCATCGTCATGGGTGTTTCAGGGAAACCTAAGGAACTTCTTGAAACTGATGCTGTTCTAAGAGATGAAATTCCAGTCATCCGAAGGTTTACAGGAGGTGGTAC...
LOC130988355
ATGGCGGCATCTCAGGCAAGAAACGCTGGGCTGCCGATAATCAATCTTCTCCGGTTGAAAGGAGTGTCCATTTTGCAACAATTGCATTTGGAAGAGAGGCTGCTGCGGACTTCGTCTGAAAACTGGTGCATCATCAACGACGGAACAACCCGCCCCACCATCGTCATGGGTGTTTCAGGGAAACCTAAGGAACTTCTTGAAACTGATGCTGTTCTAAGAGATGAAATTCCAGTCATCCGAAGGTTTACAGGAGGTGGTAC...

Protein

11 records

下载 Protein FASTA
XP_057768151.1
MAASQARNAGLPIINLLRLKGVSILQQLHLEERLLRTSSENWCIINDGTTRPTIVMGVSGKPKELLETDAVLRDEIPVIRRFTGGGTVIVDQGTIFVSFICNKDVIPGLQSYPRPIMSWSSLIYKNMFQGIGEFGLRENDYVLGNRKFGGNAQSITKNRWVHHTSFLWDYEVGNMGYLKMPTRVPEYRQARNHVEFICRLKEFMSRSDFINGTTDAVAAYFALRSLDADDIQNHSSQFEPSSKLLTRQELGDEASIDLVG...
XP_057768153.1
MAASQARNAGLPIINLLRLKGVSILQQLHLEERLLRTSSENWCIINDGTTRPTIVMGVSGKPKELLETDAVLRDEIPVIRRFTGGGTVIVDQGTIFVSFICNKDVIPGLQSYPRPIMSWSSLIYKNMFQGIGEFGLRENDYVLGNRKFGGNAQSITKNRWVHHTSFLWDYEVGNMGYLKMPTRVPEYRQARNHVEFICRLKEFMSRSDFINGTTDAVAAYFALRSLDADDIQNHSSQFEPSSKLLTRQELGDEASIDLVG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器